wavファイルフォーマット - UTAU音源制作wiki

UTAU音源のファイル形式は以下の形式が推奨されています。

フォーマット	wav
サンプリング周波数	44100Hz
ビットレート	16bit
チャンネル数	1ch(モノラル)

これ以外の形式だと、エンジンによっては音が出なかったり、おかしな音程で再生されたり、原音設定がずれて再生されたりします。
また、エンジンが対応していても原音設定ツールやプラグインなどの周辺ツールが対応していない場合が多いため、やはり推奨形式に合わせておくことをおすすめします。

ちなみに、規定のwavファイルフォーマットで出力したつもりでも、特定のDAWからエクスポートすると不要なメタデータが付加されてうまく動かないなどのレアケースもあります。

最適化ツール

きみがためtools - UTAU wav最適化
wavデータをUTAUに適した形式に変換するWebアプリです。
ファイル名の表記揺れ（macOSやスマホで録った音源をWindowsに持っていくと濁点が分離するなど）もこのツールで解決できます。