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登場日：2006/06/21 使用可能オジャマ：全50種 コレクション要素：アイテム48種
ジョブ制によってプレイヤーの戦い方の個性を出すスタイルが重視され、ポップン19で変わるまでRPGの色が強く出るようになった。
これはサウンドプロデューサーであったTOMOSUKEによる案が大きい。
超チャレンジモードでの練習環境が次第に改良されていく影響で、ネット対戦の仕組みを理解してきたプレイヤーも多いはず。
しかし新規仕様や複雑化により新システムを理解できないプレイヤーも。
オジャマの獲得はRPGよろしく経験値方式でゲージを貯めることで獲得する。
ほんの一部を除いて、プレイ回数の積み重ねで獲得できるようになった。
前作のような狩り行為推奨のような要素が大幅に減ったのが大きいだろう。
しかしコレクション要素が引き続き採用されたことでこれ目当ての狩りの問題も。
順次解禁していくee'MALL曲が解禁されないと選択できないことを除き、前作と変更点は特になし。
部屋の名称が変更されており、この名称がポップン18まで続いた。
また昇格・降格時にメッセージが出るようになった。
以後ポップン19までクラス分けに変化がなかった。
| 部屋名（クラス） | 選択可能な譜面の上限Lv | 各部屋で猛威を奮っていた主な譜面 |
| 昇格時のメッセージ | 降格時のメッセージ | |
| 神々の聖域 | 全て | |
| とうとう最終ステージにたどり着いた さぁ神々と対決だ！ | 神の力に打ちのめされてしまった。まだまだか | |
| 天空の大陸 | 42 | |
| まさか、空に大陸が浮いているなんて | 天空の敵は強すぎる 一時撤退しよう | |
| 竜神の島 | 40 | |
| 嵐を乗り越えたどり着いた先は、竜の鳴き声のする島だった | どうやらここはただの島のようだ、一度大海原に引き返そう | |
| はるかなる大海原 | 37 | サイバーガガクH、ドラムンフライH、メルトEX、アジアンコンチェルトEXなど |
| やっと船を手に入れたぞ いざ大海原へ！ | 乗っていた船が大破しょうがない、もう一度城に戻ってやり直しだ | |
| 太陽の城 | 34 | |
| 時空を越えた先には、太陽の紋章が飾られた城が待ち構えていた | まだ城に入るには早すぎる、と番兵に追い返されてしまった | |
| 時空の塔 | 31 | フューチャーEX、クラシック8Hなど |
| 目の前に突然巨大な塔が現れた | 落とし穴にはまって真っ逆さま。気がついたら湖のほとりにいた | |
| 神秘の湖 | 28 | ダークメルヒェンEX |
| 森を抜けた先には、神秘的な光を放つ湖があった | 湖の魔力に迷わされてしまった様だ | |
| 不思議の森 | 24 | オイパンク0N |
| 向こうの方に森が見える あれが村の老人が言っていた不思議の森なのであろう | 暗くなってきたので森を出よう | |
| 旅立ちの丘 | 20 | ダークメルヒェンH、アフリカH、スーパーユーロN |
| 装備も整えたし、さぁ 冒険に出発だ！ | 家に忘れ物をしたようです | |
| はじまりの村 | 17 | テラピーH、サバービアN、クラシック4N、パンプNなど |
今作から登場した要素。
お邪魔攻撃や防御におけるスタイルを選択できるのが特徴。
1つのジョブに付き経験値を5ゲージ分満タンにすれば、そのジョブをマスターしたことになる。
また、各ジョブには専用のBGMが用意されている。
最初はジョブクラスがブロンズからスタートして、経験値がいっぱいになると「ブロンズ」→「シルバー」→「ゴールド」→「プラチナ」→「クリスタル」→「マスター」と変化していき、お邪魔を獲得できる。「マスター」で文字通りそのジョブをマスターしたことになる。
| ジョブ名（クラス） |
特殊能力 能力の説明 |
獲得条件 | BGM |
| 魔法使い |
裁きの杖 オジャマ攻撃の時間がときどき長くなるぞ |
初期選択可能 | 専用 |
| 戦士 |
鉄壁の守り オジャマ攻撃されたときの時間がときどき短くなるぞ |
初期選択可能 | 専用 |
| 神官 |
献身の心 オジャマコンディションが悪くなりにくいぞ |
初期選択可能 | 専用 |
| 格闘家 |
精神統一 オジャマ攻撃されたときに自分のオジャマゲージがときどき早く増えるぞ |
初期選択可能 | 専用 |
| 大魔導師 |
大いなる英知 オジャマ攻撃がときどき相手２人に飛んでいくぞ |
魔法使い、神官をマスター | メサリミ |
| 忍者 |
忍法煙玉 いろいろ隠すでござる |
戦士、格闘家をマスター | ニンジャ卍ヒーロー |
| 精霊使い |
精霊の癒し ステージごとにオジャマゲージが少し増えるぞ |
魔法使い、戦士、神官、格闘家をプラチナ以上にする | ピアノトロニカ |
| 踊り子 |
エビバディ・ダンス ダンスオジャマ攻撃するとみんなでダンスになるわよ |
ダンスオジャマをセットした対戦で総合1位 | バトルダンス |
| ポップンマン |
オールマイティ いろんなジョブの特殊技がときどき発動するぞ |
上記8つのジョブをマスター | ポップス |
マスターオジャマ制が登場したことで、使えるオジャマに制約がかかるようになったのが難点。
逆に対戦相手のジョブから戦術を予測するという手段が出てきて、新しい駆け引きが出てきたといえるだろう。
前作から一転して新登場したオジャマは少ないものの、「リッチ」がLv2でありながら多くのプレイヤーを苦しめていた。
新登場したオジャマは太字。
「なし」の項目もあるが、ここでは割愛とする。
色背景が付いたオジャマはマスターオジャマとなっており、獲得条件に記載されたジョブでしか使えないお邪魔である。
獲得条件は「ジョブ名/ジョブランク」の表記（一部除く）。
| オジャマ名 | 獲得条件 | 使用可能な部屋の下限 |
| ミニポップ君 | 最初から所持 | |
| しろポップ君 | 最初から所持 | |
| ロスト | 最初から所持 | |
| くるくるポップ君 | 最初から所持 | |
| ビートポップ君 | 「神官/ゴールド」 | |
| ドキドキポップ君 | 「踊り子/プラチナ」 | |
| ファットポップ君 | 「神官/シルバー」 | |
| 爆走（SPIRAL） | 「魔法使い/シルバー」 | |
| 地震でぐらぐら | 「格闘家/クリスタル」 | |
| 上下プレス | 「格闘家/シルバー」 | |
| HIDDEN | 「忍者/ゴールド」 | |
| ダーク | 「踊り子/シルバー」 | |
| ふわふわ判定ライン | 「大魔導師/ゴールド」 | |
| ファット判定ライン | 「大魔導師/プラチナ」 | |
| ダンス | 対戦回数が50回以上 |
| オジャマ名 | 獲得条件 | 部屋制限 |
| カエルポップ君 | 最初から所持 | |
| 左右プレス | 最初から所持 | |
| 縦分身 | 最初から所持 | |
| HELL | 「戦士/ゴールド」 | |
| 爆走（CIRCLE） | 「魔法使い/ゴールド」 | |
| 上下プレス＆プレス | 「格闘家/ゴールド」 | |
| キャラクターポップ君 | 「神官/プラチナ」 | |
| 強制ハーフスピード | 「魔法使い/クリスタル」 | |
| ボンバー | 「忍者/プラチナ」 | |
| ミクロポップ君 | 「精霊使い/シルバー」 | |
| GOODがBADに！！ | 「精霊使い/プラチナ」 | |
| ラブリー | 「精霊使い/ゴールド」 | |
| ファンキー | 「忍者/シルバー」 | |
| リッチ | 「大魔導師/シルバー」 | |
| カーニバル | 「踊り子/クリスタル」 | |
| ランダム | 「ポップンマン/シルバー」 | |
| 道連れ | 「神官/マスター」 |
| オジャマ名 | 獲得条件 | 使用可能な部屋の下限 |
| バラバラポップ君 | 最初から所持 | |
| ポップ君の竜巻 | 最初から所持 | |
| パニック | 最初から所持 | |
| 左右プレス＆プレス | 「格闘家/プラチナ」 | |
| 色々爆走 | 「魔法使い/プラチナ」 | |
| もっとHELL | 「戦士/プラチナ」 | |
| 色々ポップ君 | 「神官/クリスタル」 | |
| もっとふわふわ判定ライン | 「大魔導師/クリスタル」 | |
| オジャミックス | 「忍者/クリスタル」 | |
| 強制Low-SPEED | 「魔法使い/マスター」 | |
| DEATH | 「戦士/」マスター | はるかなる大海原 |
| 上下さかさま | 「格闘家/」マスター | はるかなる大海原 |
| 横分身 | 「忍者/マスター」 | |
| バラバラスピード | 「大魔導師/マスター」 | |
| にせポップ君の嵐 | 「踊り子/マスター」 | |
| COOL or BAD!! | 「精霊使い/マスター」 | |
| リフレクション | 「ポップンマン/マスター」 | |
| ？色ポップ君（ナゾイロ） | アイテムを全種揃える | はるかなる大海原 |
称号/ポップン14
アイテム/ポップン14
ネット対戦モード
