| 番号 | 曲名 |
| 00 | (なし) |
| 01 | タイトル。2のタイトルBGMにも近い新規曲。 |
| 02 | プロローグデモ、2とは別曲 |
| 03 | 週間メダロット時BGM、2よりスローテンポ |
| 04 | スタッフロール、新規曲。後にアレンジされ「Unknown Planet」と呼ばれる。 |
| 05 | メインメニュー、元は1・2 |
| 06 | メダロット組みたて時BGM、3･4･5･DSでも使われる「インディケイト」と呼ばれるもの。 |
| 07 | エンカウントBGM、「STORM CLOUD」と呼ばれるもの。 |
| 08 | ロボトルファイト! |
| 09 | Battle No.2、戦闘曲2、BRAVEにも使われる、曲名はアレンジサントラから |
| 10 | Battle No.3、戦闘曲3、曲名はアレンジサントラから |
| 11 | ロボロボ団幹部戦BGM、アレンジされ「StrikeEnemy」とよばれるもの |
| 12 | ラストボス・隠しボス戦BGM |
| 13 | 勝利 |
| 14 | 敗北 |
| 15 | レベルアップ |
| 16 | タイムアップ、後半はメダロードレース選手紹介でも使われる |
| 17 | ゲームオーバー |
| 18 | メダロードレース選手紹介、タイムアップの後半部分 |
| 19 | ミニゲーム「セレクトほんぶをまもれ！」BGM |
| 20 | ジェットコースターBGM |
| 21 | おみくじ町港、新規曲 |
| 22 | メダロードレースBGM |
| 23 | 通信画面BGM |
| 24 | グロウアップ！新曲。DSにもつかわれる |
| 25 | メダロット研究所BGM、「INSTITUTE」と呼ばれるもの。 |
| 26 | シノビックパークBGM |
| 27 | タイムアップ・リーダー機能停止!、新規曲 |
| 28 | おみくじ町 |
| 29 | 特定の人物の家内で流れるBGM、元は通常民家のBGM。弐coreではアレンジとしてEasygoingが存在。 |
| 30 | メダロット社BGM、「メダロットカンパニー」と呼ばれるもの |
| 31 | メダロッ島BGM、アレンジされ「Sweet Island」と呼ばれる |
| 32 | 洞窟BGM |
| 33 | コーダイン王国BGM |
| 34 | おどろ山BGM、新規曲 |
| 35 | ロボロボ団本部BGM |
| 36 | フユーン要塞BGM、「MEMORIES」と呼ばれるもの |
| 37 | 魔女の城BGM |
| 38 | 「I」と呼ばれるBGM。 |
| 39 | アリカのテーマ曲、「キュート(ハート)ガール」と呼ばれるもの |
| 40 | カリンのテーマ曲、「てんしのひとみ」と呼ばれるもの、GBの頃より大幅にアレンジ |
| 41 | コウジのテーマ曲、「パッション･マン」と呼ばれるもの |
| 42 | スクリューズのテーマ曲、「CUNNING BOY」と呼ばれるもの |
| 43 | レトルト&レトルトレディのテーマ曲、「かいとうレトルト」と呼ばれるもの |
| 44 | ヘベレケ博士のテーマ曲、「クレイジー･クレイジー」と呼ばれるもの |
| 45 | ロボロボ団のテーマ曲、「ロボロボだん」と呼ばれるもの |
| 46 | セレクト隊のテーマ曲、「セレクトたい」と呼ばれるもの |
| 47 | ロボロボ団の企みなど、「DARK PROT」と呼ばれるもの |
| 48 | 一般民家内曲のアレンジ、こちらは学校で使用、アレンジされ「Easygoing」と呼ばれるように、DSでも再登場 |
| 49 | ショップBGM、「OH!かいもの」と呼ばれるもの |
| 50 | メダロポリスBGM、「メダロポリス」と呼ばれるもの |
| 51 | メダロッターズBGM、「メダロッターズ」と呼ばれるもの |
