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登場日：2010/03/10 使用可能オジャマ：全51種 コレクション要素：称号、アイテム、ボス討伐、国盗り
IRの終了から1週間後に登場。
これまでのネット対戦の形にてこ入れをしつつ、新たに対戦した3人が協力してボスに立ち向かうというボスバトルが導入された。
前作のパラメータ制が引き続き導入されており、称号関連ではネット対戦用のレベルが999まで設定され、しかもLv100ごとに称号が用意されていることから熟練者の指標となった。
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今回から経験値のゲージを貯めることができ、レベルやオジャマ、アイテム、称号を獲得できるようになった。
また、ボスバトルが店内対戦であっても発生することがあり、内容次第ではかなり楽に獲得できることもある。
昇格時・降格時のメッセージがほんのわずかに変わっている部分がある。
| 部屋名（クラス） | 選択可能な譜面の上限Lv | 各部屋で猛威を奮っていた主な譜面 |
| 昇格時のメッセージ | 降格時のメッセージ | |
| 神々の聖域 | 全て | |
| とうとう最終ステージにたどり着いたぞ！ さぁ神々と対決だ！ | 神の力に打ちのめされてしまった。まだまだか・・・ | |
| 天空の大陸 | 42 | |
| まさか、空に大陸が浮いているなんて！ | 天空の敵は強すぎる 一時撤退しよう | |
| 竜神の島 | 40 | パーカッシヴ2EX、フォレストスノウ2EX、エンカREMIXEX、昭和ノワールEXなど |
| 嵐を乗り越えたどり着いた先は、竜の鳴き声のする島だった | どうやらここはただの島のようだ、一度大海原に引き返そう | |
| はるかなる大海原 | 37 | サイバーガガクH、ヒップロック5H、メルトEX、カラフルポップEX、パーカッシヴEXなど |
| やっと船を手に入れたぞ いざ大海原へ！ | 乗っていた船が大破！仕方がない・・・ もう一度城に戻ってやり直しだ・・・ | |
| 太陽の城 | 34 | パーカッシヴ2H、ハンズアップH |
| 時空を越えた先には、太陽の紋章が飾られた城が待ち構えていた | まだ城に入るには早すぎる、と番兵に追い返されてしまった | |
| 時空の塔 | 31 | パラボラEX、エレゴスH、ピアノテックHなど |
| 目の前に突然巨大な塔が現れた | 落とし穴にはまって真っ逆さま。気がついたら湖のほとりにいた | |
| 神秘の湖 | 28 | グーニーズEX、ポップン体操Hなど |
| 森を抜けた先には、神秘的な光を放つ湖があった | 湖の魔力に迷わされてしまった様だ | |
| 不思議の森 | 24 | オイパンク0N、ヘビーメタルNなど |
| 向こうの方に森が見える あれが村の老人が言っていた不思議の森なのであろう | 暗くなってきたので森を出よう | |
| 旅立ちの丘 | 20 | ダークメルヒェンH、アフリカH |
| 装備も整えたし、さぁ 冒険に出発だ！ | 家に忘れ物をしたようです | |
| はじまりの村 | 17 | サバービアN、クラシック4N、パンプNなど |
詳細はアイテム/ポップン18を参照。
新登場したオジャマは4種。
そのうちの2つはポップン検定で獲得できるオジャマであった。
またボスバトルでは、プレイヤーの使用できないお邪魔を打つことがある。
ランダムオジャマ特有の効果と、カレーの効果、ボスのみが使用するオジャマはLv表記のないものとして扱われるようになった。
新登場したオジャマは太字。
「なし」「おまかせ」の項目もあるが、ここでは割愛とする。
パラメータで獲得するため、「備考」欄は特殊な条件と前作からのLv変更のみ。
| オジャマ名 | 備考 | 使用可能な部屋の下限 |
| 爆走（SPIRAL） | 最初から所持 | |
| ミニポップ君 | 最初から所持 | |
| ビートポップ君 | 最初から所持 | |
| ドキドキポップ君 | 最初から所持 | |
| しろポップ君 | ||
| ファットポップ君 | ||
| くるくるポップ君 | ||
| HELL | ||
| 上下プレス | 前作と比べてLv2→Lv1 | |
| ロスト | ||
| ダーク | ||
| ファット判定ライン | ||
| ふわふわ判定ライン | ||
| 地震でぐらぐら | ||
| ダンス |
| オジャマ名 | 備考 | 部屋制限 |
| パニック | 最初から所持 | |
| ポップ君の竜巻 |
最初から所持 前作と比べてLv3→Lv2 |
|
| バラバラポップ君 | 最初から所持 | |
| キャラクターポップ君 | 最初から所持 | |
| ミクロポップ君 | ||
| カエルポップ君 | ||
| 爆走（CIRCLE） | ||
| GOODがBADに！！ | ||
| 強制ハーフスピード | ||
| 左右プレス | ||
| 縦分身 | ||
| カーニバル | ||
| ボンバー | ||
| もっとHELL | ||
| 道連れ | ||
| ランダム | ||
| トリック | ||
| スライド | 鬼オジャマ検定内の、どれか1つのグレードを全てクリアした後に対戦する |
| オジャマ名 | 備考 | 使用可能な部屋の下限 |
| ラブリー |
最初から所持 効果時間が他のお邪魔より長め |
|
| 色々ポップ君 | 最初から所持 | |
| 色々爆走 | 最初から所持 | |
| クロス | 前作と比べてLv2→Lv3 | |
| もっとふわふわ判定ライン | ||
| QMA | ||
| ツインビー | ||
| jubeat | A.I.デイトポップを選曲 | |
| オジャミックス | ||
| DEATH | ||
| COOL or BAD!! | ||
| にせポップ君の嵐 | ||
| 横分身 | ||
| バラバラスピード | ||
| リフレクション | ||
| 強制Low-SPEED | ||
| 交互プレス | オジャマ検定内の、どれか1つのグレードを全てクリアした後に対戦する | |
| ？色ポップ君（ナゾイロ） |
レベル表記のないオジャマを扱っている（ランダム専用の効果を除く）。
| オジャマ名 | 備考 | 使用可能な部屋の下限 |
| カレー | アイテム「あまくちカレー」の効果でのみ発生 | |
| 左右プレス＆プレス | ボスバトル限定 | |
| ズームポップ君 | ボスバトル限定 | |
| 上下プレス＆プレス | ボスバトル限定 | |
| 色々バラバラポップ君 | ボスバトル限定 |
称号/ポップン18
アイテム/ポップン18
ネット対戦モード
