| 番号 | 備考 |
| 0 | オープニングBGM、そのままタイトルへ |
| 1 | タイトルBGM、アレンジサントラ収録曲「M･R･3」 |
| 2 | エンディング |
| 3 | 民家BGM |
| 4 | おみくじ町、メダロット4でアレンジされる |
| 5 | メダロポリスBGM、3アレンジサントラ収録曲「Medaropolis」 |
| 6 | アースモールBGM |
| 7 | アンダーシェルBGM、3アレンジサントラ収録曲「TearsofMermaid」前半 |
| 8 | ヘブンスゲートBGM |
| 9 | ランデブーBGM |
| 10 | 月面BGM |
| 11 | UFO内BGM |
| 12 | メダリンピック会場BGM |
| 13 | 海底BGM、3アレンジサントラ収録曲「TearsofMermaid」後半 |
| 14 | 宇宙空間BGM |
| 15 | ビーハイブBGM |
| 16 | メダロッターズBGM、4でアレンジされ「メダロッターズ」に。 |
| 17 | 学校内BGM |
| 18 | メダロット社、後に「メダロットカンパニー」と呼ばれるもの |
| 19 | メダロット研究所、後に「INSTITUTE」と呼ばれるもの |
| 20 | 決めテーマ、後に「I」と呼ばれるもの |
| 21 | アリカのテーマ、後に「キュート(はあと)ガール」と呼ばれるもの |
| 22 | カリンのテーマ、後に「てんしのひとみ」と呼ばれるもの |
| 23 | コウジのテーマ、後に「パッションマン」と呼ばれるもの |
| 24 | スクリューズのテーマ、後に「CUNNINGBOY」と呼ばれるもの |
| 25 | 快盗レトルト・レトルトレディのテーマ、後に「かいとうレトルト」と呼ばれるもの |
| 26 | ヘベレケ博士のテーマ、後に「クレイジー・クレイジー」と呼ばれるもの |
| 27 | ロボロボ団のテーマ、後に「ロボロボだん」と呼ばれるものの元 |
| 28 | セレクト隊のテーマ、後に「セレクトたい」とよばれるもの |
| 29 | スピリット達のテーマ |
| 30 | 出会い、スバルイベントなどで使用。 |
| 31 | ミニゲームBGM |
| 32 | ミニゲームクリア |
| 33 | ミニゲームミス |
| 34 | 企み、後に「DARK PLOT」と呼ばれるもの |
| 35 | 飛行場BGM・3パーコレのロボトルワールド内BGMでもある |
| 36 | イントロダクション、最初のメダロット紹介BGM |
| 37 | ショップBGM、後にアレンジされ「OH!かいもの」となる |
| 38 | グロウアップ! |
| 39 | 通信BGM |
| 40 | ピアノ曲、中身はレトルト |
| 41 | エンカウント、後に「STORM CLOUD」と呼ばれるもの |
| 42 | 上と同じ |
| 43 | ロボトルファイト! 『2』の「ロボトルファイト!」との主な違いとして、例えば「ﾗ..ﾗ ｰｰ.. .ﾗｼﾄﾞ ｰ...」のメロディで流れる 「ﾗﾐｿﾗ ｿﾄﾞｼﾗ ﾗﾐｿﾗ ﾗｿﾌｧ#ﾐ」のパート（音色）が異なっている。 |
| 44 | ロボトルBGM2 |
| 45 | ロボトルBGM3、3アレンジサントラに「BEAT UP!」として収録され、以後そのまま「BEAT UP!」と呼ばれる |
| 46 | VSスピリット戦BGM |
| 47 | 対ブラックデビル戦BGM、3アレンジサントラ収録曲「Shout!」 |
| 48 | 勝利BGM |
| 49 | 敗北BGM |
| 50 | レベルアップ! |
| 51 | タイムアップBGM |
| 52 | ゲームオーバーBGM |
| 53 | メインメニュー曲、後に「エレクティブサブジェクト」と呼ばれる |
| 54 | メダロット組立画面曲、後に「インディケイト」と呼ばれる |
