ファイナルウォーズから２年…物語は、衝撃の展開で幕を開ける。
廃工場にはびこる黒い影。そこには一人の少女の姿が―――
訓練を受けるゆみ。そんな中、突如現れたのは―――
小さな日常、戦う理由。ゆみの心に秘められた思いは―――
メガヌロンとの激闘。その頃静奈達は、ある怪獣の衝撃的な姿を目撃する―――！
飛来した
ラドンに苦戦を強いられるゆみと怜。そのとき―――！？
尾崎の想い、ユイの戦い。
不可解な怪獣の頻出。そのルーツが判明した刹那、緊急サイレンのランプが響く―――！
ぶっちゃけ、こっからが本番（爆
決戦が迫る中、孤軍奮戦しなんとか怪獣を撃退できたゆみ。だが、そこに現れたのは―――
ようやく訪れた休息。しかし、ゆみにとって更なる重要な事件が。
かつてM機関が所有していた旧軍事施設の調査隊としてゆみと組まされることになったユイ。冷たく反発するユイだが―――
防衛博物館に運ばれたゴジラの屍骸。警護の任務を与えられる小隊だったが、怜の心は別の所にあった。
たどり着いたとき、既に侵攻は目に見える形で行われていた。運命は、一人の少女に委ねられる。
瑞穂の召集により、サキと共に崩壊したＭ機関本部へ向かう怜。以前とまるで変わってしまったサキに戸惑いを感じていた怜だが、そのとき―――！
その頃、ゆみは…
過去の記憶に囚われ、
ガイガンに怯えることしかできないゆみ。しかし、無常にも決戦の火蓋は切って落とされる―――！
怜のみが知るサキの姿。まるで変わり果ててしまったサキに想いを馳せる怜だったが、その時瑞穂から招集がかかる。そこで見たものは―――？
最近巷を騒がせている連続殺人事件。その犯人が松本ではないかとの疑いがかかり、その真意を確かめるべく河原田と霧島が調査に狩りだされた。しかし、彼らはもっと重要な事件を目撃してしまう！？ｗ
松本のいないフラットウィング小隊初めての休暇。瑞穂の提案で、一向はは海に行くことに。しかし、それは災厄の引き金でもあった。
全キャラ総出演。
ユイの休日を滅茶苦茶にしたのは誰か？ リオか、セフォルか、それとも……？
ガイガンの大部隊、起こる反乱。混乱極まる戦場で、ゆみは怜から横領したブラッドスィーパによる異変を感じていた。一方、スパイと告白した霧島に思い悩む河原田だが、その前にあの
仮面の剣士が立ちはだかる。
混乱極まる戦場とは別の場所、妖しげな研究所で怜は霧島と遭遇する。そこで聞かされた、驚愕の真実とは？ その時、怜が見たものは―――
怜とサキ（穂咲）の再会以降～最終回までを、ダイジェストで紹介。
最終更新：2013年05月10日 05:14
