君とは戦いたくなかったよ。
……本当に……戦いたくなかった……
二人とは、魔王の城で二度戦う事になる。
そして二人は、レプリカントを管理するアンドロイドであることが明かされる。
レプリカント達にレギオンや白塩化症候群を駆逐させ、世界が浄化された後に魂（ゲシュタルト）を肉体（レプリカント）に戻す計画を実行するようプログラムされている。
ゲシュタルトからデータを抽出して新しいレプリカントを作ったり、逆に死んだレプリカントのデータをゲシュタルトに還元する役目も担っていた。
長い月日の中で人間と同じ感情が芽生えたレプリカント達を見守るうちに、彼女達にも人間らしさや感情が備わっていった。しかし、彼女達がそれに気づくことはなかった。
当初はゲシュタルト計画の要であるゲシュタルト・ニーアを補佐していたが、元々「1000年経てば病はなくなる」という口約束していた彼がそれからさらに数百年経っても一向に治らないことから「あんたらがヨナを救ってくれそうにないから勝手に融合させちまうわ」と実力行使にでてしまう。
というかよく1000年先の話なんて信じたな…
補足:崩壊体になりかけた状態で保管されているゲシュタルト・ヨナのデータから肉体を作られるレプリカント・ヨナは必ず黒文病を発症する。
崩壊体への進行を抑える方法はなく、ゲシュタルト・ヨナも救われることはない。
ゲシュタルト計画に協力しなくなるのではないかという懸念からか、その事実はゲシュタルト・ニーアには伝えられていない。
その影響か、各地でゲシュタルトの崩壊体化が進んでしまう。
姉妹は黒の書計画の発動を早めるため、レプリカント・ニーア（主人公）を導いて白の書を入手させた。
※黒の書計画
白の書と黒の書を融合させた時に発生するエネルギーを利用し、強制的にゲシュタルトをレプリカントの肉体に引き戻す計画。
彼女たちがヨナを救う指針を与え続けたのは、計画に必要な「封印されし言葉」を集めさせるため。
ゲシュタルト・ニーアがヨナをさらった後は、理由は不明だが数年経った後にゲシュタルト・ニーアのもとに向かうのに必要な「鍵」の在処を示唆する。
ちなみにこの鍵、所有しているはずのマモノたちはそれを所有しているという意識を一切見せておらず、ぶっちゃけ何かの理由で巻き込まれただけの可能性がある。
リメイク版によると、実際鍵がある場所は彼女たちも知らなかった様子。じゃあ、あのピンポイントなワード付き地図は誰が書いたんだよ。
が、記憶を失った白の書はレプリカント・ニーアに味方し、さらにヨナを取り返すためゲシュタルト・ニーアの元へ向かおうとする。
二人は真実を語るも、レプリカント・ニーア一行が本来の持ち主である人間に肉体を返すことを拒否したため戦う事になった。
その戦いの中でデボルが倒され…
ちなみに、年表を見ると実際病が治せるかどうかともかく白塩化症候群の元凶である汚染された魔素は確かに抹消されている。
しかし、運悪くレプリカントたちに自我が芽生え始め、新しいレッドアイが生まれるなどの事態もあって200年ほどは計画を発動できる余裕はなかったことがうかがえる。
…物語の開始は1300年または1400年後じゃないのかって？
そう、まさに1サイクルは余裕があったはずであるが、なぜか行われなかった。理由は不明だが、作中での彼女らの発言から推測はできる。
「次の100年後にやればいい」
おそらくは、レプリカントに感情移入した結果、私情で引き延ばしたのである。
オリジナル・ヨナの病気？最初から無理なのが分かっているのでどうでもいい。
ゲシュタルト計画が完遂できれば、魔王の存在は不要。約束なんぞ破って殺してしまえばオールオッケー。
黒の書がなければただの人間に過ぎないニーアが暴れようがアンドロイドの彼女らにかなう理由は皆無なので何の問題にもならない。
