「GHOSTS OF THE PAST」にて、「PAPER TIGER」で破損していたENSIシステムとフランカーのリハビリを兼ね、主人公と共に停戦空域に出現したゼネラルリソースの偵察機を追跡するミッションに参加。このミッションに成功すると「NO CLEARANCE」に移行し、主人公とレナは「ナイトレーベン」について調査するための作戦外行動へ。だが、出撃直後、ゼネラルリソースの偵察機と交戦状態に陥り、そこにはディジョンの姿が。レナはディジョンと何らかの因縁があるそぶりを見せるが…。
転機となるのは「SCYLLA AND CHARYBDIS」。ゼネラルリソースとニューコムの会談に専用機で向かうUPEOのクラークソン代表に、機内でフィオナが随伴、空ではエリックと主人公が護衛機として固めるというミッションだったが、その途中、ゼネラルリソースの襲撃を受け、さらにジャミングまで発生してしまう。これを退けるとレナがUPEO隊員1名を伴って現れる。しかし、パーク司令が、今回のクラークソンとフィオナの行動がスパイ行為であるとの連絡を入れ、専用機を撃墜せよと指令してくる。
これに従って同僚だったフィオナもろとも専用機を撃墜してしまった主人公(なおこの選択は名無しのUPEO隊員と専用機のどちらかを撃墜するというものだが、ここでどちらも撃墜せずに放置していると隠しムービーとして、レナが専用機を撃墜するムービーを見ることができる)。しかしその後、「FATES INTERWINED」にて…。
RENA:
空を目指す翼があれば、
いつまでも……こうして、
ここで生きる為なら、何でもしてやる。
ERICH:
その為なら、仲間でも撃ち落とすのかよ!
RENA:
その通りだわ……いい?
わたしたちにもともと翼なんてない。
この空が嫌なら、
その羽、自分で今すぐもげばいい!
ERICH:
レ、レナ……。
泣いてるのか?
今まで、ゼネラルリソースとニューコムの紛争など意に介さず、ただ空を飛ぶことだけにアイデンティティを依存していたレナだったが、この時を境に、UPEO、ゼネラルリソース、ニューコムの紛争に対する危機感と不信感を募らせるようになり、主人公やエリックと共に、この紛争の正体を解き明かそうとするようになっていく。が、その裏ではパーク司令とディジョンが秘密裏に接触し、レナを利用した不穏な計画を始動させていた…。
さらなる転機となるのが「BUG HUNT」。このミッションは、ニューコムが所有するナノ・テクノロジー研究所で「ナノ・バイト」の危険な暴走事故が発生したため、それを鎮圧するというものだが、作戦中にレナの機体がナノバイトの侵蝕を受けた際、レナのENSIシステムに侵入するという事態が発生(戦闘機とパイロットが直結している都合上、主人公やエリックなら機体のダメージのみで済むところ、レナの場合パイロット本人まで影響を及ぼす)。これを解決した主人公のことを信用したレナは、自らの身の上、空を飛ぶというアイデンティティをディジョンに利用されていたことを主人公に打ち明け、空を飛ぶことだけに依存しない、と心に決めるようになる。
その後、UPEO代表となったパーク司令の陰謀により、「PAWNS IN THE GAME」では(レナにとってはおそらくパイロットのキャリア上初めて量産機と同一仕様である)「R-211(オルシナス)」に搭乗してゼネラルリソースの社宅を攻撃してしまったことで、ゼネラルリソースとニューコムが全面戦争に突入する引き金を引いてしまうことになる。
さらに、これに呼応するようにしてクーデター組織「ウロボロス」が勃発。その首謀者がディジョンであることが判明する。
RENA:
嘘……。
あの男がクーデターの指導者ですって!?
嘘でしょ?
この戦い、すべての元凶が……ディジョン。
みんな……ごめん。
わたし、この目で確かめてくる。
ディジョンの真意を測るため、ウロボロスの空中空母「スフィルナ」に乗り込んだレナだったが、そこでウロボロスがナイトレーベンを奪取していたことが判明する。そして、ディジョンにナイトレーベンに搭乗して夢を叶えろと囁かれるが…。
ERICH:
うおっ! 何だっ!
デカい……や、やれるのか?!
RENA:
……ディジョン。
わたし、あなたを許せない!
ERICH:
レ、レナか?!
レナはディジョンのことを拒絶し、ナイトレーベンを使ってスフィルナに攻撃を仕掛ける。
ところがその直後、ナイトレーベンは謎の爆発を起こし、墜落してしまう。エリックと主人公はレナの敵討ちのため、ウロボロスを追撃してスフィルナを撃墜、さらにこの陰謀を仕組んだパーク司令を倒すことに成功する。
その夜、海上では、墜落したナイトレーベンからレナが降り立っていた。太陽がない今、防護服を脱ぎ捨てたレナは、「空を飛ぶ」という自らのアイデンティティを支えていたオプトニューロンのケーブルを自ら引き千切る。そこへ、2機の戦闘機が…。
ERICH:
レナ、レナっ!
RENA:
おーい!おーい!
おーい!おーい……