「効率よく敵の軍勢を倒すために、新たな戦闘戦術を開発した。これを以て敵勢力のせん滅を図るぞ」
Aミッションと基本的な行動パートは同じながら、汚染を除去するのではなく敵の勢力下にある土地にて敵の軍勢などを効率よく殲滅し勝利を収めるため、ハーネイトは新たな作戦を打ち出した。
それがF（ファイティング）ミッション。敵は血海などの汚染領域に代わりPや幻霊龍などの軍勢。血海を除去する際に使用する制圧攻撃で敵をまとめて攻撃し、その間に間合いを詰めて一気に撃破する。これが基本となる。
龍巣（ドラグネスト）攻略戦とD7R制龍戦では基本この形式で作戦が進むことになる。
ある意味自由に駒を動かせるチェスのようなものであるがそれ故に、ナビゲーターには高い分析及び全体把握能力が求められる。
このミッションは空中戦や海上戦、異界空間内などで主に行われるがそれ以外の場面でもこのミッション形式で戦闘することになる。
Aミッション同様、何かコマンドを選択し終えるまでは自由にチーム員を動かせ、その移動範囲に基本制限はない。だが敵の砲台や罠などにより進軍を妨げられる場合もある。それを考慮した行動や敵との間合いを測り反撃を防ぐなど立ち回りに関しては更に違う面で気を付ける必要がある。
クラス紹介
Fミッションも基本的にクラスごとの役割は同じであるが、レコンダークラスだけ違う。
| クラス名 | 役割 |
| ナビゲーター | チーム員の管理や、マップ全体の索敵、支援攻撃による支援を行うクラス。特別支援攻撃（シュペルヴアンセクション）は絶大な支援効果をもたらす。Fミッションでは積極的に攻撃系支援を行うことになる |
| アタッカー | 前線に出て、制圧攻撃を行い敵の軍勢を蹴散らし弱らせ、撃破につなげていくクラス |
| シューター | 離れた位置から敵や罠を射抜き、味方を後方から援護するクラス。サーチャーなどと連携し、罠などを排除しつつ連携攻撃で火力強化 |
| シールダー | 前線に出て、敵の攻撃から味方を守り、ヘイト調節を行うクラス。敵の攻撃を防ぎつつ味方の進軍を援護する |
| サーチャー | 敵の罠やセキュリティ解除、アイテムの詳しい位置や伏兵などを探知するクラス。敵の不意打ちを防ぎ罠を見つけ味方の生存率を上げる。またFミッションではナビゲーターと連携し強化策敵により伏兵の看破もできる |
| アサシン/レコンダー | 汚染パネルの概念がないFミッションでは、単体高火力を生かした中ボス、エリアボスキラーとしてのアサシンクラスの役割を担う。またギミック解除にも役に立つ |
| サポーター | 味方の体力や強化支援、制圧支援を主に行うクラス。生存率向上や早期クリアには欠かせない縁の下の力持ち |
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