面会に来た承太郎に会いにいこうとする徐倫の前に突如現れ、 「会えば死ぬ事以上に不幸な事が起こる」と、警告する。
しかし、面会に来たのが母親だと思っていた徐倫は会いにいってしまい、 ジョンガリ・Aとホワイトスネイクの攻撃を受けて、
承太郎は「スタープラチナ」と「記憶」を奪われて死者同然と化してしまい、徐倫は奪われた「DISC」を取り戻すために戦いを決意。
それに希望を感じ、戦いに身を投じる。
次々に襲い来るホワイトスネイクの刺客との戦いの中、ついにホワイトスネイクの正体が「刑務所内教戒師」の エンリコ・プッチだという事を知り、刑務所から出ていったプッチを追って徐倫達と共に脱獄。
そして、とうとう「ケープ・カナベラル」でプッチを追い詰めるが、
プッチの求めた能力 「メイド・イン・ヘブン」が完成してしまい、その恐るべき能力の前に仲間達は倒され、最後に残った徐倫に「希望」を託される形で逃がされて 一行で唯一、「一巡した世界」に辿り着く。
しかしそこに現れたプッチに襲われ、絶体絶命となるが……
運命が決まっていて変えられない………
……のなら………
おまえに変えてもらう事にしたよ……
ウェザーがおまえに殺される時DISCにして取り出したウェザー・リポートの能力！！
徐倫おねえちゃんがぼくに持っててくれって授けてくれたDISCだァァーーーーーーッ
一巡した世界において、「運命」が決められているのならと、プッチに「DISCを入れさせる」事で運命を変え、「ウェザー・リポート」のスタンドを発現させてプッチとの最終決戦を開始。
DIOの悪を受け継いだ『絶対の未来』とジョースター家の黄金の精神を受け継いだ『最後の希望』。
奇しくもパンドラの箱に残されているモノとされるエルピスの二つの解釈と概念を体現したかのような後継者二人は、131年に渡る因縁の決着を着けようとする。
しかし、「ウェザー・リポート」の能力はあくまでウェザーの才能のため、操る事も難しい。
プッチは再び時を加速させ、止めを刺そうとするが、突然その場に崩れ落ちる。
なんだ…こ…れは！？
おまえも知らなかった能力のようだな……
潜在の中で眠っていたウェザーの能力
本で読んだことがある
生物に最も身近にある「猛毒」は……
「空気である！」………と！
エンポリオはウェザー・リポートの隠された能力で、生物にとって猛毒な「100％純粋な酸素」を集めていたのだ。
猛毒が集められた部屋の中で時を加速させてしまったプッチは、エンポリオより遥かに早く体を蝕まれていく。
そしてとうとう動きを封じられたプッチの頭に、ウェザー・リポートが拳を定め、じわじわと破壊していく。
（アニメ版では、第1部から続くジョジョの歴史、特に第3部から連なる物語の終わりを意識してか、この後の台詞からとどめのラッシュに合わせて第3部の処刑用BGM＆波紋の効果音が流れる演出となっている）
ここにきて、「覚悟こそ幸福」と見苦しく叫ぶプッチにエンポリオは言い放つ。
わからないのか？
おまえは『運命』に負けたんだ！
ほざくな小僧…！
ぼく一人じゃあない……
ぼくをここに送り込んだ徐倫おねえちゃんの意志だ！
ウェザーも、F.F.、エルメェス、アナスイ、それに承太郎さんもだ！
みんな未来なんか知らなくても『覚悟』があった！ 覚悟ができていなかったのはおまえだ、プッチ！
『正義の道』を歩む事こそ『運命』なんだ！！
やめろォオオオオ 知った風な口をきいてんじゃあないぞオオオオオオ
このちっぽけな小僧がああああああああああ
ついに、プッチを倒し全ての「因縁」に終止符を打った。アニメでも追加された台詞の通り、
・自らが消滅するのも承知の上でアナスイを治療し、承太郎の記憶DISCも共に守り抜いたF.F.
・志半ばで倒れても仲間達を信じて自らの能力を託したウェザー
・作戦の成否に関係なく最も危険な役割を受け入れ、命を賭して承太郎を守り抜いたアナスイ
・罠と理解しつつも娘を守るために死力を尽くした承太郎
・仲間が倒されても臆すことなく攻撃し、徐倫に逃げるための一瞬を託したエルメェス
・エンポリオを信じて決死の足止めを慣行した徐倫
・そして全員の決意と覚悟を受取り、自らもまた刺し違えてでもプッチを倒す覚悟を決めたエンポリオ
誰か一人でも”覚悟”がなければ絶対にたどり着くことができなかったであろう、仲間達の絆と想いが紡いだ勝利であった。
そして…
「時の加速が始まった以前」で「メイド・イン・ヘブン」が消滅したため、プッチの求めた「新しい世界」は無かったことになり、また「別の世界」が誕生した。
エンポリオが気がつくと、そこはグリーン・ドルフィン・ストリート刑務所の近くのバス停だった。
そこでエンポリオが出会ったのは、「小銭が無かったためにバスから放り出されて悪態をつく女性」、
これから父親の所へ結婚の許しをもらいに行くという肩の後ろに星の痣を持つ女性「アイリン」とその彼氏で「アナキス」と名乗るカップル……
エンポリオです……
エンポリオ
ぼくの名前は………
ぼくの名前はエンポリオです
涙を流しながら答えた後、エンポリオを乗せた一行は「バッファローのような帽子を被ったヒッチハイカー」も新たに乗せ、降り注ぐ雨の中で『ストーンオーシャン』は完結する。
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