| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| 海と風と | Lv1 | 初期ミッション | TYPE-14 | |
| 模擬戦闘訓練 | Lv2 | 初期ミッション | クリアでシャイアン獲得 | シャイアン |
| 地上の星 | Lv3 | 海と風とまたは模擬戦闘訓練クリア | プロトタイプモンスター | |
| 統合軍のエース | Lv4 | 地上の星クリア | クリアでVF-0A獲得 | VF-0D |
| マオの宝物 | Lv5 | 統合軍のエースクリア | VF-0D | |
| 蒼き死闘 | Lv5 | 統合軍のエースクリア | クリアでVF-0用リアクティブアーマー獲得 | VF-0A |
| 密林 | Lv6 | マオの宝物または蒼き死闘クリア | VF-0A | |
| 星を奪うもの | Lv7 | 密林クリア | クリアでVF-0用ゴーストブースター獲得 | VS-0S フォッカー機 |
| 鳥の人 | Lv8 | 星を奪うものクリア | クリアでVS-0S フォッカー機、プロトタイプモンスター、TYPE-29、SV-51α、サラ・ノーム獲得 | VS-0S フォッカー機 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| 襲撃 | Lv2 | 初期ミッション | クリアでVF-1用スーパーパック(劇場版)獲得 | VF-1A一条機 |
| ミンメイ・デート | Lv4 | 初期ミッション | クリアでVT-1フラグ1(※2)、リン・ミンメイ(パイロットスーツ)獲得 | マクロス アームドタイプ |
| 永遠のフォッカー | Lv5 | ミンメイ・デートクリア | クリアでVT-1フラグ2(※2)、VF-1S 一条機獲得 | VT-1 |
| 天才マックス | Lv5 | ミンメイ・デートクリア | クリアでVF-1S 一条機、SクリアでVF-1J ミリア機を獲得 | VF-1S マックス機 |
| ミリア襲来 | Lv6 | 永遠のフォッカーまたは天才マックスクリア | クリアでVF-1用ストライクパック、Sクリアでクァドラン・ロー ミリア機フラグ1(※3)獲得 | クァドラン・ロー マックス機 |
| 愛・覚えていますか | Lv8 | ミリア襲来をクリア | クリアでVF-4、リン・ミンメイ(最終決戦)、SクリアでVF-1S マックス機、クァドラン・ロー マックス機フラグ1(※4)を獲得 | VF-4 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| 統合軍定期訓練 | Lv1 | 初期ミッション | ファランクス | |
| ディープ・スペース | Lv1 | 初期ミッション | トマホーク | |
| プロジェクト・スーパー・ノヴァ | Lv3 | 統合軍定期訓練またはディープ・スペースクリア | クリア時にYF-19かYF-21を選択 | スパルタン |
| ハリー・ハリー・ハリー | Lv2 | プロジェクト・スーパー・ノヴァクリア | TYPE-14 | |
| イン・ザ・ベース | Lv2 | プロジェクト・スーパー・ノヴァクリア | VF-11B | |
| バトル・アリーナ | Lv4 | プロジェクト・スーパー・ノヴァクリア | ディフェンダー | |
| バーニング・キャニオン | Lv5 | ハリー・ハリー・ハリー、イン・ザ・ベース、バトル・アリーナいずれかクリア | VF-11C | |
| イン・ザ・スカイ | Lv3 | バーニング・キャニオンクリア | YF-21 | |
| イン・ザ・ブルー | Lv4 | バーニング・キャニオンクリア | TYPE-29 | |
| デストロイ・ザ・ベース | Lv5 | バーニング・キャニオンクリア | モンスター | |
| エデン・オア・ヘル | Lv6 | イン・ザ・スカイ、イン・ザ・ブルー、デストロイ・ザ・ベースいずれかクリア | クリアでYF-19かYF-21のプロジェクト・スーパー・ノヴァで選ばなかった方、YF-19、VF-19A用FASTパック、YF-21、VF-22用FASTパックを獲得 | ゴーストX-9 |
| ドッグ・ファイト | Lv7 | エデン・オア・ヘルクリア | YF-19 | |
| 天使の歌声 | Lv8 | ドッグ・ファイトクリア | クリアでゴーストX-9、ミュン・ファン・ローン、シャロン・アップル獲得 | YF-19 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| スピーカーポッド | Lv1 | 初期ミッション | VF-11C | |
| バトルエチュード | Lv1 | 初期ミッション | クリアでVF-11C用FASTパック獲得 | VF-17D |
| スピリチアファーム | Lv2 | スピーカーポッドまたはバトルエチュードクリア | クリアでVF-17D | VF-17S |
| フォールドアウト | Lv2 | スピリチアファームクリア | SクリアでVF-17S ミリア機獲得獲得 | VF-17S ミリア機 |
| 乙女のジェラシー | Lv3 | スピリチアファームクリア | モンスター | |
| おちていく小悪魔 | Lv3 | スピリチアファームクリア | Sクリアでシビルフラグ1(※5)獲得 | VF-19F |
| 熱き炎の男たち | Lv4 | フォールドアウト、乙女のジェラシー、おちていく小悪魔いずれかクリア | クリアでVF-17S獲得 | ファイヤーバルキリー |
| 惑星ラクスの死闘 | Lv6 | 熱き炎の男たちクリア | クリアでVF-19F、VF-11用フルアーマード獲得 | バトル7 |
| 七色の歌エナジー | Lv7 | 惑星ラクスの死闘クリア | ストームバルキリー | |
| 裏切りと少女の涙 | Lv5 | 惑星ラクスの死闘クリア | ミレーヌバルキリー | |
| 星を越える想い | Lv6 | 惑星ラクスの死闘クリア | クリアでVF-19S獲得 | VF-19S |
| チューニングファイト | Lv5 | 七色の歌エナジー、裏切りと少女の涙、星を越える想いいずれかクリア | SクリアでVF-22S ミリア機獲得 | VF-22S ミリア機 |
| 悪夢の突入作戦 | Lv7 | チューニングファイトクリア | SクリアでVF-22S マックス機獲得 | VF-22S マックス機 |
| ガムリンの反乱 | Lv6 | 悪夢の突入作戦クリア | VF-19S | |
| 銀河に響く歌声 | Lv8 | ガムリンの反乱クリア | クリアでファイヤーバルキリー、ミレーヌバルキリー、熱気バサラ、ミレーヌ・ジーナス獲得 | バトル7 |
| 最強女の艦隊 | Lv8 | ガムリンの反乱クリア | クリアでストームバルキリー、レイ・ラブロック、ビヒーダ・フィーズ、Sクリアでクァドラン・ロー クロレ機フラグ1(※6)、VF-19改用サウンドブースター、VF-11MAXL改用サウンドブースター、VF-17T改用サウンドブースター獲得 | クァドラン・ロー クロレ機 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
| 漂流 | Lv1 | 初期ミッション | クリアでエルマ・ホイリー獲得 | VT-1C |
| 銀河パトロール隊訓練 | Lv3 | 初期ミッション | VF-22S ガムリン機 | |
| 密漁団との攻防 | Lv4 | 漂流または銀河パトロール隊訓練クリア | クリアでVF-5000G獲得 | VA-C-3 |
| 孤独 | Lv6 | 密漁団との攻防クリア | クリアでVF-17Dライザ機獲得 | 潜水服 |
| 銀河クジラの歌う星 | Lv7 | 孤独クリア | クリアでVF-19P、潜水服、VA-C-3、熱気バサラ(パイロットスーツ)、グラハム・ホイリー獲得 | VF-19P |
| ミッション名 | LEVEL | 出現条件 | 備考 | EX.機体指定 |
