中立のコロニー、ヘリオポリスにて研究・開発されていた所を、
ザフト軍
クルーゼ隊の一人にして本作のもう一人の主人公「アスラン・ザラ」によって強奪され、
そのままアスランの機体としてデュエル、バスター、ブリッツら三機のガンダムと共に運用された。
唯一強奪を免れた
ストライクガンダム及び戦艦アークエンジェル追撃の任を受け、キラ・ヤマトらと何度も激闘を繰り広げる事になる。
が、アスラン自身は親友のキラと戦う事に迷いがあり、いつも今一歩及ばず、であった。
アークエンジェルらの地球降下後も追い回すが、オーブ近海における戦闘でイージス（アスラン）を庇って乱入してきたブリッツガンダムが、
ストライクに撃墜されパイロットのニコル・アマルフィが戦死
*1。
自らの優柔不断さで戦友が死んだ事を悔やんだアスランは、遂にキラを本気で殺す事を決意。
その後、ストライクガンダムとの戦闘中にストライクを援護しようとやってきたキラの友人トール・ケーニヒを殺害した事で、キラも激昂。
お互いにSEEDを覚醒させた状態での激しい一騎討ちの末、MA形態に変形して組みついてからのスキュラでトドメ……とはならず、
エネルギー切れ（フェイズシフトダウン）を起こした事で失敗。
その状態から最後に残された攻撃として機体を自爆させる事でストライクを討ち、イージスも四散。
アスランは直前に機体から脱出、イージスの自爆の余波で吹き飛ばされ、片腕の骨折や打ち身などを負ったが命に別状はなく無事であった。
{ストライクはコクピットの外壁が破壊され脱出も出来ない状態にも関わらず、セーフティシャッターなる安全装置のお陰でキラは一命を取り留めた。
セーフティシャッター凄過ぎる
まぁ、どちらにせよロウに助け出されず、そのまま放置されていたら確実に蒸し焼きになって死んでいたし、実際そこそこ傷を負ってはいたのだが。}
後にジャスティスガンダムを受領したアスランが島を訪れた際には、イージスの頭部が砂浜に残されていた。
