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上記の任務を受けた際はテラは闇に堕ちたりしないと確信していたものの、
その後世界を巡る過程でテラの悪い噂ばかり聞いてテラに対する不安が芽生えてしまう。
また、ヴェンとも再会し「一緒に帰ろう」と諭すものの、
ヴァニタスから不穏な話を聞いていたヴェンは耳を貸さずにまたも飛び出して行ってしまう。
アクアは友人2人の変貌ぶりが分からず、戸惑いばかり深めることになる。
テラを追って訪れたレイディアントガーデンにおいて、友人2人と再会して共に巨大アンヴァースを撃退するが、
彼女の「テラは闇に近づきすぎているのでは？」という一言と、師がアクアに自身の監視を命じていたという事実に動揺したテラは、二人を拒絶。
アクア自身は心配していただけで悪気はなかったが、ヴェンからも自身の言動を非難され、悉く善意が裏目に出てしまう。
テラを傷つけてしまったのではと悩み、1人で歩いている時に仮面の少年「ヴァニタス」に襲撃される。
アクアのことを「予備」と呼んで去って行った彼の姿に不吉なものを感じ、
彼を追って再度旅立つことを決意する。
なお、余談だがレイディアントガーデンにおいて、 ミッキー及びカイリと面識を持っている
（加えて偶発的ではあるが、カイリにキーブレードの継承の儀を起こしている *1）。
また、この道中にデスティニーアイランドを訪れ、そこで幼い ソラと リクに出会っている。
2人に資質を感じたアクアはどちらかに継承の儀式を行おうとするものの、リクが既にテラから継承されていることに気付く。
心のどこかでテラと戦う可能性を意識していたアクアは、2人には自分達のように離別の道を進んで欲しくないと願い、結局ソラに継承の儀式を行わなかった。
かわりに「リクが道に迷うようなことがあれば、そばにいて助けてあげるように」と助言した
（なお、攻略本の情報によれば、もしリクが継承の儀を受けていなかった場合、アクアはソラに継承の儀を行ったらしい）。
物語の終盤、異空の回廊を意識不明で漂っていたミッキーを保護し、彼の師がいる不思議な塔へ向かった際、
ミッキーの師であったイェン・シッドからエラクゥスの訃報、並びに事件にマスター・ゼアノートとテラが関与しているらしいことを聞かされ驚愕し、
真相を確かめるべくキーブレード墓場へ向かい、
そこでテラ、ヴェンと合流し、そこで自分達がマスター・ゼアノートの掌で踊らされていたことを知る。
ヴァニタスが言っていた「予備」の真意は、自分と均等な光と闇の衝突を起こしてχブレードを作るための駒として用意されたヴェンが、
旅立つ前はまだ未熟でヴァニタスよりも劣っていたためその当時の実力では「均等な衝突」が起こせないと判断し、
一方でアクアは三人の中で真っ先にキーブレードマスターに選ばれるほどに強い光の心を備えていたため、
万一旅を経てヴェンの成長が芳しくなかった場合はアクアを代用品にして均等な衝突を起こしχブレードを完成させようと画策していたためである。
計画実行の為に現れたゼアノート達と激しい戦闘を繰り広げたが、
ゼアノートに協力したブライグ（後の シグバール）の時間稼ぎによりχブレードが完成し、
ヴェンの身体もヴァニタスに乗っ取られてしまう。
ミッキーと2人でヴァニタスに挑むも劣勢になるが、内部からヴェンが抵抗したことが功を為し、
χブレードの刃先を砕くことに成功するも、崩壊するχブレードの力の暴走に巻き込まれ、
ヴェンの身体と共に異空の回廊へ飛ばされる。
ミッキーに救出され不思議な塔に戻った後、イェン・シッドからテラが見つからなかったこと、
ヴェンの心が眠ったままであることを教えられ、ヴェンの安全を確保するため、
マスター就任時に継承されたエラクゥスの教えにより、故郷「旅立ちの地」を、
悪用されない為の仕掛けを起動し （時系列的に後の『COM』の舞台となる）「忘却の城」へと変貌させる。
そして魔法によるコールドスリープ施設「目覚めの部屋」にヴェンを安置し、
必ずテラと二人で起こしに来るとヴェンに語りかけ、テラを探すために一人旅立つ。
旅の途中テラを発見するも、テラの身体はゼアノートに乗っ取られており、テラを取り戻すために交戦。
しかし、戦いの末に敗北したテラ＝ゼアノートは闇に沈み、アクアもこれを救うべく闇の中へダイブしてしまう。
闇の中でキーブレードライドを使って堕ちていくテラの身体を救出できたものの、
二人乗り状態のライドでは光への出口は遠のいていくだけであり、
片方しか助からないと悟ったアクアは、テラを助ける道を選び、
鎧とキーブレードを託して光の世界へ送り出し、一人で闇の世界へと堕ちていった。
そして、戦いの後遺症で記憶を失ったテラ＝ゼアノートは賢者アンセムに拾われることになる。
その後アクアは『BbS』から『KH2』までの10年以上の間、光の世界に戻ることが出来ず、
（闇の世界に時間の概念がないため）ほとんど年をとることもないまま闇の世界をさまよい続けることになった。
なお、自身のキーブレードはテラと共に元の世界に飛ばしてしまったため、
闇の世界ではエラクゥスのキーブレードを使用していた。
しかし、『BbS』のシークレットムービーで闇の世界の海岸でほとんど記憶を失っていた賢者アンセムと出会い、
世界に危機が訪れるたびにそれを食い止めてきたキーブレード使いの少年の話を聞き、
それはテラかヴェントゥスではないかと尋ねる。
しかし、アンセムから帰って来た名前は「ソラ」であった。
それは、かつて自分がデスティニーアイランドで出会った少年だと確信したアクアは感極まって涙を流した。
アンセムと出会う前の、『BbS』から『KH』までの間を描いた番外編『0.2』では、
KH』で闇の世界に飲まれてしまった様々な世界を探索する様子が描かれ、
孤独な日々から心身共に少しずつ疲弊していたが心だけが闇の世界に繋がったテラや、
『KH』で闇の世界のキーブレードを捜しに闇の世界を訪れていたミッキーと再会し、光の世界での戦いは続いていることを知る。
ミッキーと行動を共にして闇の世界に飲まれたディスティニーアイランドにて闇の世界のキーブレードを見つけ出すが、
そこは世界の心のキングダムハーツによって出現した扉の裏側であり、居合わせたのは『KH』ラストのリクが扉を閉めに向かうタイミングであった。
そこでリクを狙って集合体ハートレスのデビルズウェーブが出現し、アクアはミッキーを先に向かわせて単身それを阻止するが、
そのせいでミッキーと分断されアクアのみ再び闇に呑まれたディスティニーアイランドへ引き戻されて取り残されてしまうが、
ソラとミッキーが闇の扉を閉めている裏でデビルズウェーブと交戦して彼らを補佐し、
誰かが闇の世界に迷い込んだ時には自分が力になれると考えて、闇の世界に留まる決意。
ソラ達が闇の扉を完全に閉めて世界が再生していく中、アクアは闇の世界に堕ちていった。アンセムと出会ったのはこの少し後である。
『3D』ではヴェンの記憶に同調したソラの夢の中にテラと共に登場。
この後ソラは幼い頃にアクアと出会った記憶を思い出して目覚めかけるものの、アンセムに邪魔されて思い出せずに終わった。
『III』では闇の海岸で賢者アンセムと共に助けを待っていた所、賢者アンセムを連れ去りにきた 闇の探求者アンセムが現れ、
賢者を守ろうとするものの、アンセムの攻撃により闇の深淵へと落ちてしまい、
その影響で、その身は闇に染まり心も負の感情に侵食された「アンチ・アクア」と化してしまう。
デビルズタワーを使役してミッキーを捕えて落としたキーブレードを拾い、リクも襲わせるが、
マスターキーパーによってデスティニーアイランドから導かれたソラが現れて形勢を逆転され、
闇から解放されただけでなく、約10年ぶりに光の世界に帰還を果たした。
光の世界帰還後、体調を心配したソラ達にイェン・シッドの元で休むことも提案されたが、
眠るヴェントゥスを目覚めさせる約束を果たすためにソラと共に忘却の城へ向かい、
城内で眠るヴェントゥスとついに再会するが、そこにヴァニタスが現れ、ヴェンを守るために結界を張って一人でヴァニタスと交戦
（ここでアクアを操作してヴァニタスと戦うイベントが発生する）。
結界に穴を開けて眠ったままのヴェンを狙うヴァニタスの攻撃から彼を庇い、窮地に立たされるが、
ソラによってヴェンが目覚めたことで間一髪救われる。
その後、ヴェンと共に真XIII機関との戦いに参加し、苦心の末に肉体を取り戻したテラと再会を果たした。
最終決戦後は戦いの後は旅立ちの地に戻るが、1年後にテラ、ヴェンと共に、
世界から消え去ったソラの側索のために、「闇の世界」へと旅立った。
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