多くの事件と過去の事件、その真相で話が長くなるため、まずはゲーム開始後の事件を順を追って説明する。
被害者：鳥羽美佐
犯人：浜田涼子（本名：一之瀬恵子）
舞台：夕闇島
概要：
犯人は25年前に島の有力者の一人であり、図書館で自殺した一之瀬恵一の娘。
私「たち」の目的は25年前の復讐が目的と語るが、詳しい事は語らぬまま本土へと送られることとなる。
2章開始時、本土へと向かうフェリーに乗せられるが爆破される。一命は取り留めるが、会話できないほどの重傷を負ってしまう。
被害者：一之瀬恵一
犯人：謎の女性（本名：鳥羽美鶴）
舞台：もう一つの夕闇島
概要：
図書館で自殺に見せかけられ銃殺された。
動機については語られる前に炭鉱の社長であり実質的な島の権力者でもある日沖竜平によって遮られたため不明。
その後、日沖によって監禁される事になる。（島には警察（部外者の剣持を除く）がおらず、監禁する場所がない為、日沖がまとめ役として引き取る形。）
被害者は島の有力者の一人との事だが、図書館では島の事を調べようとしていた。
また、事件後に発覚したことだが「ここはまるで25年前の夕闇島そのものだ」と言っていた。
被害者：笹山徹、宮瀬信夫
犯人：倉本高史
舞台：夕闇島
概要：
犯人は島の有力者の一人である木本陽司の秘書。
動機は25年前の双葉要ひき逃げ事件の事を調べる人物は木本の邪魔になると判断した為。
5年前、島の調査に来た宮瀬を殺して使用されていない食堂の冷蔵庫に入れて放置していた。良く今まで死体が発見されなかったな。
その宮瀬の後を追って調査にきた笹山も殺害。
その2件の死体を連続爆破事件に乗っかって証拠隠滅の為に爆破した。
推理後、木本が25年前の真相を語ろうとするが、突如爆破され倉本は一之瀬恵子同様、会話不可能な重傷を負ってしまう。
そして木本は爆破後行方不明となる。
被害者：一之瀬恵子、倉本高史、木本陽司
犯人：謎の爆破犯
舞台：夕闇島
概要：
犯人は連続爆破事件の真犯人。
木本は死体が発見されていない為、詳細不明。
被害者：双葉要
犯人：須永秀雄
舞台：もう一つの夕闇島
概要：
事件場所を偽装した上でひき逃げによって殺された。
動機についてはやはり日沖によって犯人が連れて行かれた為、不明。
真相を暴かれた際、日沖に「俺はここまでだ」と告げていた。
事件後、海に落ちて行方不明になったと日沖によって語られた。
被害者：土田幸恵、水川英二
犯人：土田明美
舞台：夕闇島
概要：
犯人は島の有力者の一人である土田文子の娘。
金持ちのギスギスとした生活に嫌気がさしており、「日暮」と名乗る謎の男に唆されて有力者の子供二人（一人は姉）を殺害した。
被害者：水川助吉、土田文子
土田幸恵、水川英二
犯人：浅見京太郎
舞台：夕闇島
「日暮」と名乗った男の正体であり、連続爆破事件の真犯人。
上記事件解決後、二人を誘拐する。
被害者：三井清(水川助吉)、土田文子
犯人：日沖竜平
舞台：もう一つの夕闇島
概要：
5章で誘拐された水川を三井町長として殺害する。
一度は金田一が殺害を食い止めるも、土田文子も後に炭鉱者の暴動で金田一を封じた上で殺害する。
被害者：熊田重三
犯人：日沖竜一
舞台：夕闇島
概要：
主人公をどちらにしたかで事件内容は変わるが、いずれにしろ25年前の真相と正体不明の町長日沖竜一の正体を語ろうとした為、町長により殺害される。
結局は事件内容と合わせ金田一、コナンにより正体も暴かれる事になる。
と、まぁ、それぞれの目的で事件が発生している為ややこしいが、おおよそは「25年前の惨劇の復讐」「25年前の惨劇発覚の妨害」が主である。
長くなったが、ここからは事件の真相となる「25年前の惨劇」及び、犯人達の詳細を説明する。
まず夕闇島は
双子島
と呼ばれる、そっくりな二つの島からなる島群であり、一つは夕闇島、もう一つは日暮島である。
25年前、夕闇島の炭鉱から金塊が発見されたのがすべての始まり。（なお、金塊発見自体には事件性はない）
両島の炭鉱を管理する日沖竜一は炭鉱管理者として金塊を両島に等しく分配しようとしたが、それに夕闇島側が反発。
夕闇島で金塊を独占しようとした為、日沖らは夕闇島の管理体制を乗っ取ろうと有力者3人とその妻を自殺や事故に見せかけて殺害。
日沖竜一が夕闇島町長に就任するが乗っ取りには失敗し、当然の事ながら反発が強まった為、
島民全てを炭鉱の崩落事故に見せかけて生き埋めにする
（この時、計画を密告しようとした妻や、息子である竜平すらも巻き込んだ）。
これらの殺害に関わったのが、日沖町長他、現夕闇島の有力者の5人である。
元々日沖町長は自身が大けがをしてでも炭鉱で鉱員を守るような人柄であり、それ故に信頼されていた。
その信頼度や夕闇島への反発から当時の日暮島住民はこれを見過ごし、日沖町長に従ってしまった。
そして「夕闇島で金塊発見」という報せだけは既に本土へ伝わっていた為、
日暮島の方を夕闇島だったという事にし
、金塊でリゾート地へと作り替えた。
細かい説明はないが、この際に灯台や神社等は夕闇島と同じ位置に作ったものと思われる。
また、この際に日暮島は存在自体無かった事にされ地図からも抹消されている。いや、仮に無人島でも地図からは消えんだろう。
この事件の生き残りが日沖竜平、浅見京太郎、須永秀雄、一之瀬恵子、鳥羽美鶴の5人。
彼らは炭鉱入口付近で遊んでいたため、辛うじて巻き込まれずに済んだのである。
家族を殺された事、島民を皆殺しにされた事、殺された島民が夕闇島の島民である事すら奪われた事から復讐を決意。
それぞれが復讐の為、成り上がってお金を集めたり、情報を集めたり、技術を磨いていったりした。
そして25年前の事件を思い起こさせる状況で恐怖を与え殺す為に、本来の夕闇島で25年前の事件をなぞって殺害を行ったのが本作の事件である。
生き残った他4人は子供だが、鳥羽美鶴のみ25年前の時点で成人であり、後に鳥羽美佐、美悠の双子を産む。
美佐は別の家庭へと引き取られたが、美悠は美鶴の元で育てられる。
美鶴は復讐を始める前に死亡してしまったが、その恨みは美悠へと受け継がれた。
後に美佐も美悠達と合流するが、復讐計画には反発。
そして金田一へ助けを求めて手紙を送り、金田一が島を訪れる事になる。
●事件関係者
今回の事件の真犯人の一人であり、まとめ役。
名前から分かる通り日沖町長の息子である。
借金で首が回らない人間ばかりを金で集め、集めた人間をその金でもう一つの夕闇島で島民として言うことを聞かせ続けていた。
炭鉱で働かせていた人間に掘らせていたのは、自身の母も含めた、かつて生き埋めにされた夕闇島島民達の遺体。
最後は金塊を船に乗せ、有力者最後の一人である日沖町長の目の前で船を爆発させ海へと沈めた。
その後、呆然とする日沖町長を殺そうとしたが、金田一に全ての謎を暴かれ、殺してしまえば日沖町長と同じになると説得され、最後の殺人は踏みとどまった。
いつの間にか島に現れ計画を邪魔する金田一は邪魔に思いつつもその人柄や能力は気に入っており、事件後、「もしあの頃に金田一がいたら結果は変わっていたかもしれない」と金田一に告げた。
事件の真犯人の一人で連続爆破犯。そして、かつての夕闇島町長、三井清の息子。
本来の役目は有力者を日暮島から夕闇島へと攫ってくることだけだが自分勝手に暴走。
美佐に呼ばれて来た金田一達を邪魔させないために殺そうとするが、美佐によって夕闇島へと連れて行かれた為、断念。
仲間である一之瀬恵子についても、裏切者である鳥羽美佐を殺害後に捕まってしまった為、船事爆破して口封じを行う。
さらに各地を爆破させ、ホテルでは土田明美を騙して有力者の子供を殺させた。
こんな爆弾魔になってしまったのは生き埋めにされかけた際の爆発が心に深く刻まれてしまった為。
爆発に恐怖とともに魅力を感じてその技術を高め、日本中で爆破事件を起こしA級犯罪者として明智に追われていた。
事件の最終段階では日暮島・夕闇島の全てを爆発させ何もかもなくしてしまおうとした。
最後は夕闇島をも爆発させようと企み大量の爆弾を設置するが、コナンに「夕闇島の思い出もなくしてしまうのか」と説得され、思いとどまる。
事件後も「こんな子供にも負けたのか」とぼやいてはいたが、その発言自体もコナンを認めるが故の言葉と美悠には気づかれていた。
事件の真犯人の仲間であり金田一の中学時代の友人。
母と別れて暮らしたおかげか復讐には否定的であり、最後まで仲間を止める為に行動していた。
仲間の事を大切に思っていないわけではなく、別の家庭に引き取られた後、親と名字が違うことでいじめられようと鳥羽の名を使い続け、家族とはいつか再会する事を願い続けていた。
再会後、他の5人が復讐を実行しようとしていた為、止めようとしたが失敗。
どうやっても止まらない為に金田一に助けを求めるが、その結果、仲間から命を狙われる事になってしまい身を隠す。物語開始時点で行方不明となっていたのはこの為。
また、神隠しの噂を流したのも美佐であり、実際は事件前に神隠しは発生していなかった。
その噂を聞いて気になってきてくれた人の中に事件解決に役立つ人がいてくれれば、という狙いで流された噂だが、その結果コナンが来てくれた事を考えると大釣果である。
浅見が金田一達を殺そうと画策していた為、二人を眠らせ夕闇島へと運ぶが、その際に居所がばれてしまい、殺害されてしまう。
事件の真犯人の一人で美佐の双子の姉妹。
初登場時は別人のような見た目だったが、髪をほどき、眼鏡を外した姿は美鶴、美佐そっくりの顔立ちだった。
夕闇島へと連れてこられた火野隼人を一之瀬恵一として殺害する。
その後、日沖に炭鉱の倉庫に入れられるが、犯人の一味の一人である為、自由に行動できたようだ。
ずっと夕闇島にいたため、日暮島で美佐が殺された事は聞いておらず、事件解決時に美佐が殺されたことを知る。
事件後、倉庫にいる際に金田一と会話をするが、そこで剣持に「美佐が殺されたのはお前にも責任がある」と言われ動揺。
美佐の事を思い、復讐をやめるべきか、続けるべきか悩み、金田一が捕まった際には逃げる手助けをしている。
それが日沖にばれ金田一と一緒に殺されかけるが、今度は金田一の助けで脱出。
最後は「どちらが正しいのか、事件を解決することで証明してほしい」と金田一やコナンに頼み、事件の経過を見守った。
閉鎖環境でのかつての大量虐殺の生き残りの子供、その生き残りである母に育てられ恨みを引き継ぐ、と、
金田一の某危険人物を思い出させる設定だが、他にも生き残りがいたり、環境の違った姉妹がいた事が救いだろうか。
事件の真犯人の一人でかつて図書館で拳銃自殺に見せかけ殺された一之瀬恵一の娘。
計画の邪魔をする鳥羽美佐を殺すが、コナンに事件を暴かれてしまう。
その後、本土へと護送されることになるが、浅見に乗った船を爆破されてしまう。
一命は取り留めるが、会話もできないほどの重傷を負ってしまう。
流石にそれだけの大怪我はすぐには回復しなかったようで、その後は最後まで出番はなかった。
事件の真犯人の一人でかつての夕闇島有力者の一人、双葉要の息子。
もう一つの夕闇島で木本陽司を双葉要として轢き殺した。
25年の間に金融会社に勤め、大量の借金を抱えている人間のリストを作成し、事件の舞台作りに一役買った。
金田一に事件を暴かれた後、海に落ちて死んだと言われていたが、真犯人一味という事や日沖のあっさりとした対応を考えると無事生きていると思われる。
が、金田一に心が折られたのか、日沖竜平に連れられて行った後は特に出番はなかった。
かつての炭鉱社長であり、日暮島町長。
夕闇島で見つかった金塊の事で夕闇島と揉め、惨劇を引き起こしてしまう。
その際は、計画を密告しようとした妻や、息子である竜平すらも殺そうとした（竜平は生存したが妻は死亡）。
それで恨まれ殺されることに怯え、以降は顔を変え、名前を偽り、別人として暮らしながら（新）夕闇島町長としても陰から指示を出していた。
美佐殺害の事件が起きた際、コナンが25年前の事件を探ろうとしていた為、毛利達諸共島から退去させようとするが、明智警視により退去は失敗。
以降も顔を出さず裏方に回っていたが、表の顔として集められた際に熊田重三が25年前の惨劇の真相と自身の正体を曝そうとした為に彼を殺害。
その事件を解決されたことで正体を暴かれることになった。
事件中、島の富の象徴であり、古くからの島民を縛る為の金塊を奪われ、これを探し続ける。
正体がばれ、全ての罪を暴かれた際は「あいつ（重三）がいけないんだ…」「あの女（妻）が悪いんだ…」「やめろ…私を責めるな…」と、被害者を逆恨みする発言ばかりしていた。
また、7章ではどちらの主人公を選んだかによって重三の殺害方法が異なり、
金田一ルートでは桃園に毒入り紅茶を運ばせており、発覚後に桃園から「自分が疑われるのを承知で紅茶を運ばせたのか、実の娘だと思っていると言ったのは嘘なのか」と責められている。
コナンルートでは浅見によってコナンと金田一と剣持、25年前の真実を知る者達共々、炭鉱工場に閉じ込められた状態で、懐中電灯型爆弾で殺害しており、その後で自分だけが知る秘密の非常口を確認し、隙を見て一人で逃げようと企んでいた。
最終的には大事な金塊を目の前で息子の竜平に沈められ、心の拠り所をなくした事でそれ以降は廃人のようになってしまう。
昔は良い人だったようだが、金塊発見後の彼ははっきり言ってクズとしか言いようがない。
現在の夕闇島の有力者であり、25年前の惨劇の当事者。
25年前の惨劇には罪悪感を感じており、秘書が殺人を犯してまで隠そうとした事で逆に苦しみ、コナンに25年前の真相を語ろうとするが、浅見によって妨害され夕闇島へと連れ去られてしまう。
そこで双葉要として轢き殺される。
現在の夕闇島の有力者であり、25年前の惨劇の当事者。
息子を殺された後、浅見によって夕闇島へ連れ去られるが、その直前にコナンにより通信バッジをポケットに仕込まれる。
夕闇島で三井清町長として殺されるが、バッジにより正体がばれる。
現在の夕闇島の有力者であり、25年前の惨劇の当事者。
娘を殺された後、浅見によって夕闇島へ連れ去られる。
夕闇島で三井和子として殺される所だったが、事件前に金田一に発見される。
金田一のおかげで惨劇の再現としての殺害は免れるものの、結局は暴動騒ぎの最中殺されてしまう。
現在の夕闇島の有力者であり、25年前の惨劇の当事者。
一之瀬恵一として夕闇島で殺されてしまい、生きた状態での出番は皆無な為、性格や惨劇の事をどう思っているか等は不明。
以上、かつての事件、今回の事件で大量の被害者が存在する。
25年前の被害者：4＋α人：夕闇島の有力者及びその妻4名（一之瀬恵一、双葉要、三井清、三井和子）、5人を除く夕闇島島民全員（最低でも数十人）。
事件前の被害者：1人：宮瀬信夫
今回の事件の被害者：9人：現夕闇島有力者5人中4人（木本陽司、水川助吉、土田文子、火野隼人）、有力者の子供2人（土田幸恵、水川英二）、鳥羽美佐、笹山徹、熊田重三
重傷者：一之瀬恵子、倉本高史、その他爆弾被害者
かつて人が大量に死ぬ事件があったというのは金田一の原作等でもいくつか例があるが、物語開始後に9人死亡、重傷者2名というのはやはり死神二人が出会ってしまった結果だろう。
●その他登場人物
いつもの例に漏れず、昔の友人は悲惨な目に遭ってしまった。
さらに6章においては、事件の謎を解き犯人を追い詰めたのに力技で追加の被害者を出されてしまうという探偵としてはあんまりな目に遭う。
が、昔の友人の双子の姉妹の心を救う事は出来、最後の犯罪は止められただけ良かった方か。
コナンについては無線機越しで初めて彼を認識した為、子供が事件に出しゃばってくるなと当然の対応を取った。
変声機で新一の声になった事でコナンと会話を始めるが、名前を名乗らない事を怪しみ、信じていいのかどうか迷うが、推理能力は認めており、うまく通信が繋がった際には積極的に意見を交換していた。
後にコナンと合流した際に彼が通信相手だった事に気が付く。
最終的にその正体にも気づきかけたが、そんな事あるわけないとそこで考えるのをやめた。
金田一の事は美雪から話を聞いており、頼りになるもう一人の探偵として意見交換を行ったが、コナンとしては信用されない為に新一の声を使う。
しかし、見知らぬ他人に新一の名前を出すのはまずいと判断して、名前を名乗れないと言ってしまう。
事情があるので仕方ないとはいえ、疑われても仕方ない行動である。
途中から小五郎が酔いつぶれて役に立たず、そこからは明智の方の名前を使って行動した。
探偵役も明智にしようかと考えたが、度々不審な目で見られていた為、断念。
美雪を探偵役にして謎解きを乗り切った。
最終的に大人顔負けの推理力を持つことは明智にばれたが、天然ボケのおかげで助かった。
爆弾魔である浅見京太郎を追って島に訪れた。
その際、ちょうど小五郎(コナン)達が追い返される場面に居合わせた為、事件解決には人手が足りないとして警察の権限で彼らを島に留める。
直後、小五郎達が乗る予定だった船が爆破された為、間接的に彼らの命を救う事となった。
事件にちょくちょく顔を出して鋭い事を言ってくるコナンの事は気にかけており、最終的に子供の振りをしているが非常に頭のいい人間だと気が付く。
しかし、それは
自分の子供の頃同様に
非常に頭のいい子供という意味であり、自画自賛を含む天然ボケで本当の正体に気が付くことはなかった。
ちなみにその際、その頭の良さを見込んで警察官を目指さないかと誘っていた。
