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『COM』の出来事のせいでソラと関わりのある者達が全員ソラの事を忘れていた中、
カイリは記憶の鎖の修復が完了する前から漠然とソラの存在を覚えていた。
ソラが眠りから覚めたことで完全に記憶を取り戻し、ソラに会いたいという思いを募らせていく。
そんな中、デスティニーアイランドの海岸でXIII機関の一人、 アクセルに遭遇。
ソラに会わせてやると誘われるもソラに不利な打算ありと見抜いたカイリは拒絶し、
リクの手引きでプルートとともに一時的にトワイライトタウンに辿り着き、そこでハイネ、ピンツ、オレットに匿われるが、
最終的にアクセルによって捕まってしまう。
途中でアクセルから逃げ出したらしいのだが、今度は サイクスに捕まり「存在しなかった世界」の牢獄に閉じ込められ、
ソラをいいように誘導する道具として利用されかかる。
だが、自身のノーバディであるナミネの手助けにより解放され、彼女と共に逃亡。
途中でサイクスに発見されてしまうが、そこにリクが現れ彼に助けられた。
城を進んでいく内にソラを発見し、迫り来るハートレスをリクから貸し与えられたキーブレード「デスティニープレイス」で撃退し、
駆けつけたソラ達とついに再会した。
ゼムナスが一度倒された後、ソラ達と共にもとの世界へ戻ろうとしたが、
復活したゼムナスの干渉で突然闇の回廊が閉じてしまい、回廊を通る前だったソラとリクとはぐれてしまう。
だが、ゼムナスとの決着をつけたソラとリクが光の扉を通って帰還したことで、ついに故郷で再会を果たした。
ちなみに、『COM』で登場して本作でもキーパーソンになったナミネはカイリのノーバディである。
通常、心に闇を持たず闇に染まる事もないセブンプリンセスからはノーバディは生まれることは無い、
より正確に言えばノーバディ誕生の条件である「ハートレス化」が起きる可能性が無いためノーバディが誕生する余地が無かったのだが、
『KH』で彼女の心が他者であるソラに同化し、そのソラがハートレス化するという例外に次ぐ例外が起きた事により、
ソラの肉体を媒介にしてナミネは誕生したのである。
時系列的に『KH』より数年前の話のため、幼い姿で登場。
アンヴァースに襲われたところを アクアとミッキーに助けてもらい、
お礼としてアクアに積んでいた花をプレゼントし、祖母と共に去っていった。
実は助けられた際に意図せずアクアが使っていたキーブレードに触れ「継承の儀」を行ってしまい、
これが『II』でキーブレードを使えた原因であったらしい。
また、アクアは花を貰ったお礼としてカイリのペンダントに闇から守り光へと導く魔法をかけており、
この魔法の効果で、後にカイリがゼアノートによって異空間に流された際、ソラ達と巡り合ったらしい。
ミッキーもこの時の事は覚えていたが、いかんせん通りすがりの見知らぬ女の子を助けただけの認識であったため、
『III』でアクアから指摘されて初めて当時助けた少女がカイリだと気付いた。
シークレットエンディングでキーブレードの勇者の素質を持つ彼女が「7人の光の守護者」の候補としてイェン・シッドの許へと招かれた。
アクセルもといリアと共にマーリンの計らいで送られた土地でキーブレードを使いこなす為に修行に身を投じる。
当初は過去の一件からリアに苦手意識もあったもののリアの人柄を知るにつれて打ち解けて行った。
やがてリアと共に修行を終え、仲間と共に最終決戦に挑むために再びイェン・シッドの元へと集結。
この際にアクアと再会するもののカイリ本人が幼かった為に彼女の事を覚えていなかった。
キーブレード墓場での最終決戦ではデビルズウェーブに呑まれて連れ去れてしまうが、
その中で強い思いによってソラの消滅を食い止めると同時にソラの体を終わりの世界へと繋ぎ止めていた。
ソラが起こした時間遡行後はリアと共にサイクス、 シオンと交戦しており、
修行を終えたばかりの付け焼刃のキーブレード使いの身ながら奮戦していたがゼムナスによって連れ去られ、
最期はマスター・ゼアノートに斬り伏せられて消滅。
これに激昂したソラがマスター・ゼアノートに斬り掛かった事で光と闇の衝突が完遂されχブレードが再建、
全てがゼアノートの計画通りに進んでしまうことになる。
最終的にマスター・ゼアノートは倒され、戦いは終わったもののカイリは消滅したままで、
追加シナリオ「Re Mind」で目覚めの力によって過去に飛んだソラが守護者の心を辿りカイリの心の欠片を集め、ゲートを開いたことで復活するが、
目覚めの力は本来が心を介して閉ざされた心を目覚めさせるもので、しかしソラがこの力を使って行った「消え行く心を強引に元に戻す」ことは、
結果的だが「対象を目覚めさせる」という現象を超えて、事象の書き換え、あるいは時間を巻き戻して対象を救っているようなものであり、
本来の領域と違う手段に用いたソラは、程なく禁忌を犯した代償により『KH』の全ての世界の「外側」に弾かれて、カイリの前で消滅したのだった。
ちなみに、同作時点ではセブンプリンセスは代替えが起きている（ただし身元が判明しているのは同作では3人）が、
カイリだけはセブンプリンセスのままである。
『KH』で他の6人の心が人の心のキーブレード誕生に使われたための現象なのか、カイリが他のプリンセスに無い特別な何かを持つためなのかは不明。
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