前作との比較@ZXA - 5ch ロックマンゼクスシリーズ攻略 @Wiki

現時点で判明しているもののみ。

セーブデータ数

3つ→5つ。

ミッション開始

ミッション発令の手間が省け、目的地に着けばミッション開始。

目的地までの移動

マップ上に目的地が表示されているので、比較的判り易い。

マップ表示

一部形態を除き、下画面にマップを表示できるようになった。
マップの種類は広い「ラフマップ」と、詳細な「ディティールマップ」の2種類。

コンティニュー

「セーブしたところから再開」「タイトル画面へ」のシンプルな2種類になった。
前作の「ミッションを初めから」による判りにくい巻き戻りがなくなった。

男女主人公の一層の差別化

前作のような基礎能力だけでなく、各変身後の攻撃手段も異なる。

自キャラの種類

8種類→15種類。

前述の男女主人公の能力の差別化により、同一形態においても違いがあるため数以上にボリュームアップしている。