| ミッション名 | ボス |
| イレギュラーの追跡 | ギガアスピス |
↓
| ミッション名 | ボス |
| ジルウェの捜索 | ウォーライア |
| ガーディアンのテスト | なし |
↓
| ミッション名 | ボス |
| 地上部隊の援助 | 暴走ジルウェ（モデルZ） |
↓
下記のうち４つ
下記のうち４つ
| ミッション名 | ボス | |
| 発電所の調査 | ハイボルト | 最初から選択可能 |
| 遭難者の探索 | ルアール | 最初から選択可能 |
| イレギュラーの撃退 | フィストレオ | 最初から選択可能 |
| ライブメタルの追跡 | パープリル | 最初から選択可能 |
| 民間人の救出 | ハリケンヌ | 発電所の調査をクリア後選択可能 |
| データディスクの奪還 | レグアンカー | 遭難者の探索をクリア後選択可能 |
| 発掘部隊の襲撃 | フランマール | イレギュラーの撃退をクリア後選択可能 |
| 研究所の防衛 | プロテクタス | ライブメタルの追跡をクリア後選択可能 |
↓
| ミッション名 | ボス |
| ベースの防衛 | プロメテ |
↓
下記のうち未クリアのもの４つ
下記のうち未クリアのもの４つ
| ミッション名 | ボス | |
| 発電所の調査 | ハイボルト | 最初から選択可能 |
| 遭難者の探索 | ルアール | 最初から選択可能 |
| イレギュラーの撃退 | フィストレオ | 最初から選択可能 |
| ライブメタルの追跡 | パープリル | 最初から選択可能 |
| 民間人の救出 | ハリケンヌ | 発電所の調査をクリア後選択可能 |
| データディスクの奪還 | レグアンカー | 遭難者の探索をクリア後選択可能 |
| 発掘部隊の襲撃 | フランマール | イレギュラーの撃退をクリア後選択可能 |
| 研究所の防衛 | プロテクタス | ライブメタルの追跡をクリア後選択可能 |
↓
| ミッション名 | ボス |
| モデルV本体の発掘阻止 | パンドラ |
↓
| ミッション名 | ボス |
| イレギュラー群の撃退 | プロメテ＆パンドラ |
↓
| ライブメタル・モデルVの破壊 | ラスボス |
