『ウルトラギャラクシー 大怪獣バトル』では久々にラスボスとして登場。
主人公レイの姉であるケイトがレイを鍛え上げるために召喚する。
その戦いぶりはこれまでに比べ非常にアグレッシブで
主役怪獣である ゴモラ・リトラ・ エレキングとの3対1の状況で圧倒するなど、歴代最強クラスの実力と評される事が多い。
キングジョーブラックとも互角に戦ったが、ゴモラが覚醒した姿であるEXゴモラには手も足も出ずキングジョーブラック共々倒された。
続編の『ウルトラギャラクシー 大怪獣バトル Never Ending Odyssey』では、
ナックル星人が操る怪獣ガルベロスの作り出した幻影として登場。
幻影なので何度倒されても蘇る。
この時のゼットンは幻影だからか異様なほど動きが凄く、何とバック転やフランケンシュタイナーまでかました。
これは一部で伝説になってるとかなって無いとか。
人型に近い方とはいえあんな動き辛そうなスーツでそれをやったアクターさんが凄すぎる。
また、番組の元のゲーム『大怪獣バトル ULTRA MONSTERS』にて
強化形態の
EXゼットン
が登場した。元のゼットンを遥かに凌駕した「100トリリオンメテオ」（100兆度の火球）や、
背中からの炎を使った強烈な攻撃「ゼットンバックファイア」が必殺技。
その他にも空中を浮遊して移動したり、残像が残るほど速いスピードで打撃攻撃したり、
自分の周囲からホーミング機能付きの一兆度の火球を多数同時発射したり背中から炎をバーニアの様に噴出、
高速飛行して敵に体当たり＋通った場所を焼野原にしたりと幾らなんでも進化しすぎなくらい強くなってる。
ゲーム登場後には着ぐるみも作られ、アトラクションショーなどで活躍。
そして2009年発売のOV『ウルトラマンメビウス外伝 ゴーストリバース』にて映像作品にも初登場した。
伝説のアイテム「ギガバトルナイザー」を封印した炎の谷にギガバトルナイザーを守る 門番としての登場で、
ギガバトルナイザーを求めてきたウルトラマンメビウスと謎の剣士メカザムに襲い掛かった。
作中では設定上のスペックとは裏腹にゼットンに毛が生えた程度でしかなく、
ギガバトルナイザーの封印を解いたことでメビウスたちの力を制限していたフィールドが破壊された後
メビウスの光線でトリリオンメテオを相殺され、メビウスとメカザムの連携攻撃の前に敗れ去った。
上記の様に書くと弱い印象も受けるが、『メビウス』本編より何千年も経ち、さらに力をつけたメビウスと、
メビウスと同クラスの実力を持つメカザムを纏めて相手にして圧倒していた辺り、やはりそれなりには強い。
とはいえ、それもメビウスたちが戦いの場となった炎の谷で光線や飛行能力などを封じられるなどの制限を
課せられた状態での話ではあるが。
ちなみにトリリオンメテオの打ち方がゲームとは違い、自分の周囲ではなく通常のゼットンと同じように顔面から発射している。
漫画版『大怪獣バトル ウルトラアドベンチャー』では主人公の第2覚醒をした レッドキングを
一撃で蹴散らし、それどころか初代ウルトラマンでさえ圧倒し倒してしまうほど強い。
ただし、ヒッポリト星人のタールでブロンズ像にされたときは単体ではどうしようもなかったようで
レイブラッド星人が憑依することで脱出した。
アーケードゲーム版のストーリーモードでは突然バトルナイザーから飛び出して
ガタノゾーアを倒した グリッターティガに襲いかかり、不意打ちではあるが体当たりと火球で倒していずこへと消えた。 *4
（上述の漫画版の方も、アーケードのストーリーモードを基にしているため同じように撃破している）
そして最終話で再登場、レイブラッド星人が憑依して戦う。
このEXゼットンは上記のケイトが操っていたゼットンであり、
レイブラッド星人がEXゴモラに敗北したゼットンの遺伝子をカネゴンのバトルナイザーに入れ、
レイオニクスバトルのエネルギーを吸収させて進化させたものである。
最後は主人公達に追い詰められ、残った全パワーを込めた100トリリオンメテオで宇宙そのものを消し飛ばそうとしたが、
レイモンと共に現れた精神態のケイトに呼びかけられ、正気を取り戻し元のゼットンに戻りながらケイトの元に戻った。
そしてレイブラッドはその影響で融合を保てなくなり消滅、再び宇宙を支配する野望も潰えた。
なお、100トリリオンメテオで宇宙を消し飛ばそうとしたがそんなもの普通に打つだけでもよくね？とかは言わないように。
『大怪獣バトル ウルトラ銀河大戦 THE MOVIE』にも怪獣軍団の1体として初代ゼットンが登場したが、
ウルトラマンゼロに粉砕されている。その後、怪獣の集合体であるベリュドラの喉部分に組み込まれた。
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