ミッションのチャート
※印のついたミッション発生中は、他のステージにいくことが出来ない。（今作ではミサイル工場のみ）
| No. | ミッション名 | ボス | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1 | 壊れた宇宙船 | オメガ（OP） | |
| ↓ | |||
| 2～5 | 序盤4ミッション選択式 | ||
| アグニス火山の基地 | ブレイジン・フリザード | ||
| 海上のハイウェイ跡地 | チルドレ・イナラビッタ | ||
| 兵器再生工場 | ヘルバット・シルト | ||
| 旧居住区 | デスタンツ・マンティスク | サブタンク@3あり | |
| ↓ | |||
| 6 | ミサイル工場※ | プリエ＆クリエ（一回目） | |
| ↓ | |||
| 7～9 | 中盤3ミッション選択式 | ||
| 夕闇の砂漠 | アヌビステップ・ネクロマンセスV世 | ||
| アナトレーの森 | ハヌマシーンR | サブタンク@3あり | |
| 氷の前線基地 | ブリザック・スタグロフ | ||
| ↓ | |||
| 10 | エリアX-2 | コピーエックスMk-2 | |
| ↓ | |||
| 11～14 | 終盤4ミッション選択式 | ||
| エネルギー施設 | キュービット・フォクスター | ||
| 雪原 | グラチャー・レ・カクタンク | ||
| 水没した図書館 | ヴォルティール・ビブリーオ | ||
| 巨大エレベーター | トレテスタ・ケルベリアン | ||
| ↓ | |||
| 15 | アンダー・アルカディア | プリエ＆クリエ（二回目） | |
| ↓ | |||
| 16 | 最終ミッション | ラスボス | |
レジスタンスベースで入手可能なシークレットディスク
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 023 | エルピィ | 2F最奥の部屋のレジスタンスから | 2F ROOM 02D 中盤3ステージを選べるようになってから 答え：シュリンポリン ヴォルケール 7つ |
| 044 | マイーラ | ロシニョルから | 4F 右側のROOM ハルピュイアが復活してから2度話しかける |
| 058 | ビーナイプ | 5F砲台右のレジスタンスから | 5F 右の砲台 最初から入手可能 |
| 092 | エチューン | セルヴォから | 4F LAB. 序盤選択4ステージを選べるようになってから2度話しかける |
| 099 | 40EC | 落 | 3F 03D 最初から入手可能 |
| 106 | 40EC | 落 | 屋上の左側 最初から入手可能 |
| 107 | 500EC | アンドリューから | 3F 左側 中盤選択3ステージを選べるようになってから 答え：パンしょくにん えんそく ドーナツ みつばのクローバー わからない |
| 116 | クリエ | アルエットから | 4F CIEL 中盤選択3ステージを選べるようになってから |
| 165 | シエル | コンテナ | 4F CIEL 最初から入手可能 |
| 166 | セルヴォ | 落 | 4F LAB. 最初から入手可能 |
| 167 | アンドリュー | ロシニョルから | 4F 右側のROOM 最初から入手可能 |
| 168 | アルエット | 落 | 2F HALL 最初から入手可能 |
| 169 | イブー | イブーから | 2F 左側 中盤選択3ステージを選べるようになってから |
| 170 | ロシニョル | 落 | 4F 右側のROOM 最初から入手可能 |
| 171 | ペロケ | 落 | 1F-A 最初から入手可能 |
| 172 | オトリッシュ | 落 | 1F-B 最初から入手可能 |
| 173 | イロンデル | イロンデルから | 4F 左側 終盤選択4ステージを選べるようになってから 答え：ミラン エルピス デュシスのもり |
| 174 | ドワ | ドワから | 4F CMDの先の通路 終盤選択4ステージを選べるようになってから |
| 175 | メナート | メナートから | 1F 右側 ペロケと答える 最初から入手可能 |
| 176 | ピック | 落 | 4F 左側のROOM 最初から入手可能 |
入手時期別
最初から
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 058 | ビーナイプ | 5F砲台右のレジスタンスから | 5F 右の砲台 |
| 099 | 40EC | 落 | 3F 03D |
| 106 | 40EC | 落 | 屋上の左側 |
| 165 | シエル | コンテナ | 4F CIEL |
| 166 | セルヴォ | 落 | 4F LAB. |
| 167 | アンドリュー | ロシニョルから | 4F 右側のROOM |
| 168 | アルエット | 落 | 2F HALL |
| 170 | ロシニョル | 落 | 4F 右側のROOM |
| 171 | ペロケ | 落 | 1F-A |
| 172 | オトリッシュ | 落 | 1F-B |
| 175 | メナート | メナートから | 1F 右側 ペロケと答える |
| 176 | ピック | 落 | 4F 左側のROOM |
序盤選択4ステージを選べるようになってから
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 092 | エチューン | セルヴォから | 4F LAB. セルヴォに2度話しかける |
中盤3ステージを選べるようになってから
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 023 | エルピィ | 2F最奥の部屋のレジスタンスから | 2F ROOM 02D 答え：シュリンポリン ヴォルケール 7つ |
| 107 | 500EC | アンドリューから | 3F 左側 答え：パンしょくにん えんそく ドーナツ みつばのクローバー わからない |
| 116 | クリエ | アルエットから | 4F CIEL |
| 169 | イブー | イブーから | 2F 左側 |
終盤選択4ステージを選べるようになってから
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 173 | イロンデル | イロンデルから | 4F 左側 答え：ミラン エルピス デュシスのもり |
| 174 | ドワ | ドワから | 4F CMDの先の通路 |
ハルピュイアが復活してから
| No. | 内容 | 入手方法 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 044 | マイーラ | ロシニョルから | 4F 右側のROOM ロシニョルに2度話しかける |
