シリーズクリア後のよくある質問 - 5ch ロックマンゼロ シリーズ 攻略 @ Wiki | 大丈夫！ゼロスレの攻略wikiだよ。

Qロックマンゼロ4で、ゼロは死んだの？

A.「行方不明」が通説。

続編とされているロックマンゼクスシリーズでは、ゼロは存在していない。ライブメタル・モデルZは登場しているが存在としては別物である。
なお、オメガは最終形態で存在している。
また、ロックマンゼクスの過去の出来事が語られるシーンでは、シエルとゼロの後ろ姿が映っているが、パンテオンがいるので、イメージ的な感じであろう。

Q.ロックマンゼロ4で、四天王の3人が出てこないのは何故？

A1.「ゼロとは別の場所で戦っている」説

　『u-capcom』では、2005年に下記URLで説明がなされている。

http://archive.is/tqmPf

要約すれば、「人間を守るために生まれた戦士の彼らが、バイルの「ラグナロク作戦」により、地上の全人類が危機にさらされているときにゼロだけにかまうわけにはいかない。別の場所で戦っているのかもしれない」とのこと。

A2.「ゼロ3のオメガの爆発からゼロをかばって死んだ」説

　2006年に『ロックマンゼロ オフィシャルコンプリートワークス』で、會津卓也氏が語った説。詳しい設定は特に語られず、會津氏が「ゼロをかばってみんな死んじゃった」と発言。

　なお、『リマスタートラック ロックマンゼロ・ピュシス』のブックレット『Vile's Incident』にて、大気圏突入しているラグナロクの破片らしきものを見上げている姿が描かれている。サイバーエルフ状態のエックスとファントムの姿もある。
　これについて會津氏は、キャラクターデザイン・中山徹氏が独自に描いてしまったサービスカットであることを明かし、時間軸については曖昧な回答をしている。

A3.死亡説と生存説を両立させた設定

　2012年、『R20+5 ロックマン&ロックマンX オフィシャルコンプリートワークス』用のファンからの質問が『ロックマンユニティ』上で募集され、その中には四天王の2つの説についても含まれていた。
　この質問は採用され、會津氏自身が次のように回答したことで無事に決着した。
　要約すると「ネオ・アルカディアの公式記録ではその後の活動記録がなく登録抹消(死亡扱い)となっている。しかし監視が届かない場所で人間の為に戦っている可能性は否定できない。」というもので、死亡説と生存説を両立させた設定になっている。

Q.ゼロは誰がいつ、なんのためにコピーしたのか？オメガの中には結局何が入ってるのか？

コピーしたのは不明。オメガの中身は謎。

【はっきりしていること】

●妖精戦争時にゼロは既にコピーとして存在しており、エックスとともにオメガを倒した。残った人間たちによってバイルは「不老不死」の改造を施されサイボーグ化されたのち、拷問刑の目的も含めオメガとともに宇宙へ追放された。
●そのコピーゼロが、ロクゼロシリーズのゼロである。妖精戦争でオメガを倒したのち、また自身にプロテクトをかけ再度眠りにつくが、Z1でシエルによって目覚めさせられる。Z3でオメガを一人で撃破、完全破壊。
●オメガのボディはX時代に活躍していた本物のゼロだが、何らかの理由で眠りについている間、バイルの手によってなんらかの改造をされてしまった。

【疑問点】

Q. そもそも誰が危険因子をコピーして取っておいたのか？
A. 誰なのかは不明、もし単に自分の手中に収めるだけなら、改造後そのまま連れ出せばいいので、コピーしたことにはなんらかの意味があったはずである。
また、バイルはオリジナルのボディを改造したとは明言しているものの、コピーしたとは明言していない。

Q. ゼロの心ってほんとにX時代のそれ？バイルに適当なAI入れられたそっくりさんという可能性は？
A. エックスが心は本物だと明言している。

Q. バイルは、オメガをどう改造したのか？
A. 不明、可能性はいくつかあり、「AIとボディに手を加えた」「自作のAIにすり替えた」といったところ。

　以上のことから、「妖精戦争時、バイルはオリジナルゼロをなんらかの方法で、自分の傀儡になるよう改造した」という説が有力。