アルティメットモード（ゼロ3）
シークレットディスクを全部集めてクリアすると出現。
Rを押しながら「はじめから」を選択するとプレイできる。
ゼロ3からは一度出現条件を満たすと、いつでもアルティメットモードを遊べる。（前作と異なり、クリアデータを残しておく必要はない）
Rを押しながら「はじめから」を選択するとプレイできる。
ゼロ3からは一度出現条件を満たすと、いつでもアルティメットモードを遊べる。（前作と異なり、クリアデータを残しておく必要はない）
特徴
- コマンド入力でチャージ攻撃可能
- シークレットディスクから入手可能なチップを入手済み
- 効果永続エルフをフュージョンで全使用済みかつ減点なし
(それ以外のエルフは所持しているだけの状態からスタート。こちらは使用すると減点があるので注意。) - シークレットディスクを解析済みで全部所持
- ボディカラー変更不可（２のアルティメットフォームが少し濃くなったような？）
1周すると、チップとEXスキルと道中のサブタンクを入手可。
また、落下防止エルフが初めからいるので、サテライトで装備すれば落下も平気。
また、落下防止エルフが初めからいるので、サテライトで装備すれば落下も平気。
唯一の弱点として、移動中に立ち止まってザンエイダンを出そうとした時やジャンプ移動からラクサイガを出そうとした時に、チャージセイバーが暴発してしまうことに注意。
コマンド（右向き時）
| コマンド | 攻撃 |
|---|---|
| ↓→ ＋ バスター | セミチャージバスター |
| ↓→↓→ ＋ バスター | フルチャージバスター |
| →↓ ＋ セイバー | チャージセイバー |
| ↓→ ＋ ロッド | チャージリコイルロッド(前) |
| →↑ ＋ ロッド | チャージリコイルロッド(上) |
| →↓ ＋ ロッド | チャージリコイルロッド(下) |
| ↓→ ＋ シールド | チャージブーメラン |
| →↓ ＋ シールド | サーキュラシールド |
今作よりコマンドに斜め入力が不要となり、コマンドチャージしやすくなった。
