以下のモードは全て最初から選択可能。
セレクトモード
1・2・3・4（・ZX・ZXA）を作品ごとに選べる。一部のバグが修正された以外は完全移植。
クリアデータなどは必要なく、1・2・3・4のどの作品からでも始められる。
初見の人は1から順番にプレイすることを推奨。
クリアデータなどは必要なく、1・2・3・4のどの作品からでも始められる。
初見の人は1から順番にプレイすることを推奨。
カジュアルシナリオモードの導入に伴い、ゼロ4・ZXのイージーモード、ZXAのビギナーモードは廃止されている。
アシストセーブ
ステージの幾つかの場所に中間セーブポイントが出現する。
出現位置は主にステージ開始直後、中間、ボス前。ステージの長さによって変わる。また、一定以上離れると上書きセーブが可能。
オンにするとリトライの代わりにセーブポイントに戻されるようになる。
この際、プレイ時間や受けたダメージ等もセーブ時点のものになる。残機も消費せず、リトライ回数としてカウントされることもない。
必然的に難易度も低下する。（特に高ランク・アベ100取得は大幅にしやすくなる）
ゲーム内メニュー画面でオン/オフの切り替え、任意ロードが可能。
通常セーブとは別枠でセーブされる。
出現位置は主にステージ開始直後、中間、ボス前。ステージの長さによって変わる。また、一定以上離れると上書きセーブが可能。
オンにするとリトライの代わりにセーブポイントに戻されるようになる。
この際、プレイ時間や受けたダメージ等もセーブ時点のものになる。残機も消費せず、リトライ回数としてカウントされることもない。
必然的に難易度も低下する。（特に高ランク・アベ100取得は大幅にしやすくなる）
ゲーム内メニュー画面でオン/オフの切り替え、任意ロードが可能。
通常セーブとは別枠でセーブされる。
注意事項として、エルフやEクリスタルの取得状況もセーブ時点にリセットされてしまう。
特にゼロ1の稼ぎ作業中は必ずアシストセーブをオフにしておこう。
特にゼロ1の稼ぎ作業中は必ずアシストセーブをオフにしておこう。
カジュアルシナリオモード
1・2・3・4を超低難易度でプレイできるモード。難易度設定はノーマルで固定。
ニンテンドーDSゼロコレのイージーシナリオモードと違い、各作品をぶっ通しでプレイする必要はない。
セーブデータは普通のモードとは別扱いで、各作品ごとに決められた数が用意されている。
ニンテンドーDSゼロコレのイージーシナリオモードと違い、各作品をぶっ通しでプレイする必要はない。
セーブデータは普通のモードとは別扱いで、各作品ごとに決められた数が用意されている。
ゼロ3・4をカジュアルシナリオモードでクリアすると、ミニゲーム7つがすべて解放される。
ミニゲームの解放具合も通常モードとは別扱い。
ミニゲームの解放具合も通常モードとは別扱い。
ZXのイージーモード、ZXAのビギナーモードはこちらに統合される形になっている。
ロックマンゼロ（1）
アルティメットモード。
バスターショットはゼットセイバー入手時に武器レベルMAX。
ゼットセイバー、シールドブーメラン、トリプルロッドはそれぞれ入手時点で武器レベルがMAX。
サブタンク常にMAX、リトライ無制限、EC9999。
サイバーエルフ全開なので、防御力が倍になったり、トゲが塞がってたりしている。
レア系エルフのジャクソンも最初から使える状態。
バスターショットはゼットセイバー入手時に武器レベルMAX。
ゼットセイバー、シールドブーメラン、トリプルロッドはそれぞれ入手時点で武器レベルがMAX。
サブタンク常にMAX、リトライ無制限、EC9999。
サイバーエルフ全開なので、防御力が倍になったり、トゲが塞がってたりしている。
レア系エルフのジャクソンも最初から使える状態。
ロックマンゼロ2
最初からアルティメットフォーム。（OPステージ終了後、ノーマルフォームも選べる。）
エルフ入手済み＆強化済み。
武器レベルMAX。
サブタンクMAX、リトライ無制限。
エルフ入手済み＆強化済み。
武器レベルMAX。
サブタンクMAX、リトライ無制限。
ゼロ2の実質アルティメットモード。
（オープニングステージからアルティメットフォームのためゼロの体色が異なる、オープニングステージで「武器が壊れて満身創痍のゼロ」の演出が台無しになるので注意。）
ロックマンゼロ3
3のアルティメットモードとほぼ同じ。
違いは初期残機が9ということだけ。
違いは初期残機が9ということだけ。
ロックマンゼロ4
GBA版4のイージーモードとほぼ同じなのかと思いきや、どう見てもアルティメットモード。
最初から全パーツ所持、エルフのキャパシティが最大。
即死トラップで即死する点に注意。
一応ストロンゲストを初期装備しているため、装備を変更しない限りは即死しない。
最初から全パーツ所持、エルフのキャパシティが最大。
即死トラップで即死する点に注意。
一応ストロンゲストを初期装備しているため、装備を変更しない限りは即死しない。
Zチェイサー
ダブコレの新モード。全12+1ステージのタイムアタックができる。
ゼロシリーズからは各作品2ステージずつの計8ステージが用意されている。
ローカルでの2人同時プレイやオンラインランキングにも対応。
ゼロシリーズからは各作品2ステージずつの計8ステージが用意されている。
ローカルでの2人同時プレイやオンラインランキングにも対応。
詳細はZチェイサー@ダヒコレにて
ギャラリー
様々なイラストが閲覧できる。開発中の設定画も多数。
珍しいところでは、ロックマンエグゼに登場したロックマンゼロも収録されている。
ギャラリーのイラストは最初から全て解禁。
珍しいところでは、ロックマンエグゼに登場したロックマンゼロも収録されている。
ギャラリーのイラストは最初から全て解禁。
ミュージックプレイヤー
ゲーム中の全楽曲を試聴できる。最初から全て解禁。
予約特典（後に無料配信化）のDLC「アルティメットリミックス」を所持している場合、ここで試聴できる。
予約特典（後に無料配信化）のDLC「アルティメットリミックス」を所持している場合、ここで試聴できる。
オプション
表示言語やフィルターなどのオプション設定が行える。操作マニュアルもここから確認可能。
ZX側のみ「Voice」の項目が追加され、高音質とDS版音質を切り替えられる。
Steam版のみ「PC Setting」の項目が追加されており、ウィンドウサイズの変更やVSYNCのオンオフができる。
予約特典（後に無料配信化）のDLC「アルティメットリミックス」を所持している場合、タイトルごとにアレンジBGMへ切り替えるオプションが追加される。
ZX側のみ「Voice」の項目が追加され、高音質とDS版音質を切り替えられる。
Steam版のみ「PC Setting」の項目が追加されており、ウィンドウサイズの変更やVSYNCのオンオフができる。
予約特典（後に無料配信化）のDLC「アルティメットリミックス」を所持している場合、タイトルごとにアレンジBGMへ切り替えるオプションが追加される。
ZZカード
いわゆる実績（トロフィー）。ゼロ・ZX6作品合わせて37種類存在。
獲得すると同時にゼロ3の改造カードが解放される。
獲得すると同時にゼロ3の改造カードが解放される。
スタッフクレジット
ダブコレのスタッフクレジットが見られる。
今回は淫帝が開発に関わっていないので、クレジットに淫帝の表示はない。
今回は淫帝が開発に関わっていないので、クレジットに淫帝の表示はない。
