時系列上のスタートはもっとも古い勢力。指揮官、艦長、パイロットまでとにかく人材豊富。ただ、離反や戦死イベント対象者が半数近く含まれている(連邦軍と違い、ほとんどが回避可能だが)。2部以降加入するアクシズ、ネオジオン系パイロットもほぼ敵対するので、基本は1部のメンバーでそのまま最後まで戦うイメージでよい。
ちなみに、アニメ再現はジャブロー攻略作戦開始直前までなので、アニメでそれ以降(具体的には、もし続行された場合は次の戦死者はアカハナ)に戦死した人物は戦死イベントがない。また、ダロタ、アンディとユーリら08小隊のメンバーも系譜までに登場していなかったおかげか戦死を回避している。
初期NTは1人だが普通にプレイしていればこちらも増えるので不足を感じることはないはず。
アライメントはLAWがネオジオン、CHAOSがプルクローン隊だが前者は3部で全員離脱、後者はもはや消化試合の3部にならないと入ってこないという問題点を抱えており、戦力として考えない方がいい。
図鑑登録においてはアイナとレイラに注意。本シナリオ限定でイベント経由が必須なので登録忘れをしないようにしたいところ。プレイ効率を考えると、バーニィも本シナリオで仲間にした方が早い。
クスコはエンディングを見たことがないと参加しないが、ネオジオン(キャスバル)で登録できるので本シナリオを最初にプレイしても効率面では特に問題はない。
行方不明、謹慎中になったキャラはその時点では登録されたままだが、系譜と違い第二部移行時に登録抹消されるため基本的に再使用は不可。
| 参加時期 | 名前 | 備考 |
| 初期 | ギレン・ザビ | |
| ドズル・ザビ | 新生ジオン出現で離脱 | |
| キシリア・ザビ | 正統ジオン出現で離脱 | |
| ガルマ・ザビ | 新生ジオン出現で離脱。V作戦調査部隊への補給にYESで戦死 | |
| コンスコン | 新生ジオン出現で離脱 | |
| ラコック | 新生ジオン出現で離脱 | |
| トワニング | 正統ジオン出現で離脱 | |
| バロム | 正統ジオン出現で離脱 | |
| マ・クベ | 正統ジオン出現で離脱。オデッサ司令官任命後、核攻撃の謹慎にYESで謹慎中 | |
| シャア・アズナブル |
第2部開始時に離脱。ガルマ戦死後の謹慎提案にYESで謹慎中 第2部アクシズ出現20T後アライメントLawMAXで再加入。第3部開始時に離脱 |
|
| ドレン | 新生ジオン出現で離脱 | |
| デニム | 新生ジオン出現で離脱。V作戦調査部隊への補給にYESで戦死 | |
| ジーン | 新生ジオン出現で離脱。V作戦調査部隊への補給にYESで戦死 | |
| スレンダー | 新生ジオン出現で離脱。V作戦調査部隊への補給にYESで戦死 | |
| ランバ・ラル | 新生ジオン出現で離脱。ランバ・ラル隊へのドム補給取りやめにYES、またはドム未開発で戦死 | |
| クラウレ・ハモン | 新生ジオン出現で離脱。ランバ・ラル隊へのドム補給取りやめにYES、またはドム未開発で戦死 | |
| クランプ | 新生ジオン出現で離脱。ランバ・ラル隊へのドム補給取りやめにYES、またはドム未開発で戦死 | |
| アコース | 新生ジオン出現で離脱。ランバ・ラル隊へのドム補給取りやめにYES、またはドム未開発で戦死 | |
| コズン・グラハム | 新生ジオン出現で離脱。ランバ・ラル隊へのドム補給取りやめにYES、またはドム未開発で戦死 | |
| ガイア | 正統ジオン出現で離脱。木馬攻撃派遣要請にYESで戦死 | |
| オルテガ | 正統ジオン出現で離脱。木馬攻撃派遣要請にYESで戦死 | |
| マッシュ | 正統ジオン出現で離脱。木馬攻撃派遣要請にYESで戦死 | |
| ガデム | 新生ジオン出現で離脱。V作戦調査部隊への補給にYESで戦死 | |
| マリガン | ||
| ダロタ | 新生ジオン出現で離脱 | |
| フラナガン・ブーン | 正統ジオン出現で離脱。マッドアングラー隊の木馬追撃にYESで戦死 | |
| トクワン | 正統ジオン出現で離脱 | |
| デミトリー | 正統ジオン出現で離脱 | |
| シムス・アル・バハロフ | 正統ジオン出現で離脱 | |
| アカハナ | 正統ジオン出現で離脱 | |
| ククルス・ドアン | 新生ジオン出現で離脱 | |
| デザート・ロンメル | 新生ジオン出現で離脱 | |
| 初期 | キリング | 正統ジオン出現で離脱 |
| フォン・ヘルシング | 正統ジオン出現で離脱 | |
| ハーディ・シュタイナー | ルビコン計画時、諜報ランクが低いと戦死 | |
| ミハイル・カミンスキー | ルビコン計画時、諜報ランクが低いと戦死 | |
| ガブリエル・ラミレス・ガルシア | ルビコン計画時、諜報ランクが低いと戦死 | |
| アンディ・ストロース | ||
| 初期 | ノイエン・ビッター | |
| エギーユ・デラーズ | ||
| シーマ・ガラハウ | ||
| アナベル・ガトー（ジオン公国） | ||
| ケリィ・レズナー（ジオン公国） | ||
| カリウス | ||
| ビリィ・グラードル | ||
| ドライゼ | ||
| デトローフ・コッセル | ||
| クルト | ||
| ウォルフガング・ヴァール | ||
| ゲイリー | ||
| アダムスキー | ||
| 初期 | ユーリ・ケラーネ | |
| ギニアス・サハリン | アイナ行方不明から発見後、開発続行にYESで戦死 | |
| ノリス・パッカード | アイナ行方不明から発見後、開発続行にYESで戦死 | |
| マサド | ||
| トップ | ||
| デル | ||
| アス | ||
| ボーン・アブスト | ||
| バリー | ||
| ルネン | ||
| 初期 | ジョニー・ライデン | 正統ジオン出現で離脱 |
| シン・マツナガ | 新生ジオン出現で離脱 | |
| デメジエール・ソンネン | ヒルドルブテストYESで戦死 | |
| ジャン・リュック・デュバル | ヅダテストYESで戦死 | |
| ヴェルナー・ホルバイン | ゼーゴックテストYESで戦死 | |
| ヘルベルト・フォン・カスペン | ||
| ヴィッシュ・ドナヒュー | アスタロス回収にYESで行方不明 | |
| ニムバス・シュターゼン | 連邦軍からのMS強奪報告時の追撃要請YESで行方不明 | |
| ケン・ビーダーシュタット | ||
| アポリー・ベイ（ジオン公国） | 第2部開始時に離脱 | |
| ロベルト（ジオン公国） | 第2部開始時に離脱 | |
| 第１部 | フラナガン機関 設立後 | |
| ララァ・スン | クワトロ・バジーナと会話イベントが発生すると離脱 | |
| クスコ・アル | 1回以上エンディングを見ていると加入 | |
| マリオン・ウェルチ | ||
| シャリア・ブル | ||
| 第１部 | アプサラス関連 選択肢 | |
| アイナ・サハリン | アイナ行方不明から発見後、開発続行にYESで行方不明 | |
| 第１部 | MS IGLOO関連 終了時 | |
| オリヴァー・マイ | ||
| モニク・キャディラック | ||
| 第１部 | ルビコン計画 成功時 | |
| バーナード・ワイズマン | ルビコン計画時、諜報ランクが低いと戦死 | |
| 第２部 | 強化ＮＴ開発計画 | |
| レイラ・レイモンド（強化人間-001） | ゼロの要求NO選択2Ｔ後 離脱 | |
| プロト・ゼロ（ゼロ・ムラサメ） | ゼロの要求YES選択時 | |
| 強化人間-002 | ゼロの要求NO選択5Ｔ後 | |
| 強化人間-003 | ゼロの要求NO選択5Ｔ後 | |
| 強化人間-004 | ゼロの要求NO選択5Ｔ後 | |
| 第２部 | アクシズ援軍 130Ｔ時エゥーゴ、ティターンズともに健在 | |
| 130Ｔ | ハマーン・カーン | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 |
| ユーリー・ハスラー | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 | |
| マシュマー・セロ | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 | |
| キャラ・スーン | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 | |
| 135T | グレミー・トト | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 |
| ラカン・ダカラン | エゥーゴ又はティターンズ滅亡で離脱 | |
| 第２部 | （131Ｔ～139Ｔにアクシズ発生 5Ｔ後？） | |
| グレミー・トト（ノーマルスーツ） | ||
| 第２部 | 志願兵入隊 アライメントＬaw側 | |
| 200Ｔ以降 | ライル | 90% 第3部開始時に離脱 |
| ナナイ・ミゲル | 90% 第3部開始時に離脱 | |
| ギュネイ・ガス | 90% 第3部開始時に離脱 | |
| クェス・パラヤ | 100% 第3部開始時に離脱 | |
| 第３部 | 志願兵入隊 アライメントChaos側80～90%くらい | |
| プルクローン１ | ||
| プルクローン２ | ||
| プルクローン３ | ||
| プルクローン４ | ||
| プルクローン５ | ||
正統ジオン、ネオジオン(キャスバル)をプレイして敵対する場合、第1部に登場し、かつ「ジオンの系譜」までに登場したキャラクターのみが登録されている。 地球連邦軍プレイ時は「アクシズの脅威」以降の登場キャラクターも参加している。
極めて人材の多い勢力だが、以下の要領でプレイすれば34人にまで減らすことが可能。
IGLOOのイベントはホルバインが戦死した報告が入った時点でジャブローを完全制圧すること。
時間をかけるとモニクとマイが来てしまうので注意。ズゴックを開発完了しなければゼーゴックのテストイベントが発生しないので、ルビコン計画と合わせて開発するようにするといい。
第2部開始時に行方不明者たちが登録抹消、シャア、アポリー、ロベルトが離脱し34人でスタートとなる。
この後、ゼロの亡命を受け入れず、グレミーの投降条件を満たさないようにすればよい。
アライメントはLAWに持っていけば最終的にはいなくなるのでお好みで。
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