| + | ここを展開 |
| 下記のシナリオ終了時 | |
| 小型ゾイド | ミッション2～ |
| 中型ゾイド | ミッション3～ |
| 大型ゾイド（早） | ミッション11～ |
| 大型ゾイド（遅） | ミッション14～ |
| ※ マッドサンダー | ミッション24～ |
| （※ 2機目の引継ぎは 2周目のミッション24 ） | |
| + | 該当機体 |
| + | 該当機体 |
| + | 該当機体 |
| 下記のシナリオ終了時 | 備考 | |
| （引継ぎ機体が来ない話は「増援なし」と表記） | ||
| 第1章 | ||
| Mission No.01 『始動』 | チュートリアルミッション | |
| Mission No.02 『灼熱の砂塵』 | 小型ゾイドが最速で加入 | |
| Mission No.03 『反撃の狼煙』 | 中型ゾイド(早)が最速で加入 | |
| Mission No.04 『破滅の魔獣』 | ||
| Mission No.05 『炎の報復者』 | 増援なし（ショップ利用不可） | |
| Mission No.06 『スリーパー』 | （ 〃 ） | |
| Mission No.07 『オーガノイド・システム』 | （ 〃 ） | |
| Mission No.08 『追跡者を追撃せよ』 | 中型ゾイド(遅)が最速で加入 | |
| 第2章 | ||
| Mission No.09 『サイレント・バトル』 | 増援なし（レイノス隊 救出） | |
| Mission No.10 『虐殺竜の脅威』 | （ショップ利用不可） | |
| Mission No.11 『再会』 | 大型ゾイド (早) が最速で加入 | |
| Mission No.12 『閃光の剣』 | ||
| Mission No.13 『昏(くら)き森林防衛網』 | 増援なし | |
| Mission No.14 『魔装竜・光臨』~ | 大型ゾイド (遅) が最速で加入 | |
| Mission No.15 『真なるものの胎動』 | 増援なし | |
| 第3章 | ||
| Mission No.16 『嵐を呼ぶ前哨戦』 | 増援なし（ショップ利用不可） | |
| Mission No.17 『眠りの要塞』 | （ 〃 ） | |
| Mission No.18 『陥落! ニクシー基地』 | ||
| Mission No.19 『砕かれた縛鎖』 | ||
| Mission No.20 『コア強奪』 | ||
| Mission No.21 『ソウル・エクスチェンジ』 | ||
| Mission No.22 『死が大地を覆うとき』 | ||
| 第4章 | ||
| Mission No.23 『ゼネバスの後継者』 | ||
| Mission No.24 『戦いの果てに』 | マッドサンダーが加入 （1周につき1機のみ） | |
| Mission No.25 『終局の地』 | ||
| Mission No.26 『破滅を撒くもの』 |
| 下記のシナリオ終了時 | |
| 小型ゾイド | ミッション1～ |
| 中型ゾイド | ミッション7?～ |
| 大型ゾイド（早） | ミッション8～ |
| 大型ゾイド（遅） | ミッション12～ |
| ※ マッドサンダー | ミッション24～ |
| （※ 2機目の引継ぎは 2周目のミッション24 ） | |
| + | 該当機体 |
| + | 該当機体 |
| 下記のシナリオ終了時 | 備考 | |
| （引継ぎ機体が来ない話は「増援なし」と表記） | ||
| 第1章 | ||
| Mission No.01 『始動』 | 小型ゾイドが最速で加入 モルガ、 | |
| Mission No.02 『誇りを胸に』 | 増援なし? | |
| Mission No.03 『敵陣包囲網を突破せよ』 | マーダ（小型ゾイド(遅)扱い?）、 | |
| Mission No.04 『メルクリウスの王者』 | ||
| Mission No.05 『破滅の魔獣』 | 中型ゾイド(早)が最速で加入? イグアン | |
| Mission No.06 『報復は愛と友情のために』 | ||
| Mission No.07 『オーガノイド・システム』 | 中型ゾイド(遅)が最速で加入? | |
| 第2章 | ||
| Mission No.08 『虐殺竜の脅威』 | 大型ゾイド (早) が最速で加入 | |
| Mission No.09 『謀略の森』 | ||
| Mission No.10 『ジェノサイドアサルト』 | 増援なし 前話からの連続ミッション | |
| Mission No.11 『力への道』 | ||
| Mission No.12 『魔装竜・光臨』 | 大型ゾイド (遅) が最速で加入? | |
| Mission No.13 『遭遇! 真オーガノイド』 | デスザウラー、 | |
| Mission No.14 『偽りの英雄』 | ||
| Mission No.15 『タクティクス・オーシャン』 | ||
| 第3章 | ||
| Mission No.16 『プロイツェン・ナイツ』 | ||
| Mission No.17 『戦士の帰還』 | ||
| Mission No.18 『眠りの要塞』 | ||
| Mission No.19 『ニクシー基地防衛戦』 | ||
| Mission No.20 『飛竜十字の誓い』 | ||
| Mission No.21 『マッド・オーバーロード』 | ||
| Mission No.22 『死が大地を覆うとき』 | ||
| 第4章 | ||
| Mission No.23 『ゼネバスの後継者』 | ||
| Mission No.24 『その先にあるもの』 | マッドサンダーが加入 （1周につき1機のみ） | |
| Mission No.25 『終局の地』 | ||
| Mission No.26 『破滅を撒くもの』 |
| PSゾイド1 | パーツ | PSゾイド2 | |
| スネークス | 4個 | ➔ | ステルスバイパー |
| 捕獲用ゴドス | 4個 | ゴドス （ノーマル機） | |
| ※ マンモス (強化セット1) | 4個 | ➔ | マンモス キャノン |
| ※ マンモス (強化セット2) | 2個 | マンモスMK-Ⅱ | |
| ゴルドス (強化セット1) | 4個 | ➔ | ゴルドス キャノン |
| ゴルドス (強化セット2) | 2個 | シャイアン （ゴルドスMK-Ⅱ） | |
| ゴジュラスMK-Ⅱ 量産型 | 3個 | ➔ | ゴジュラスMK-Ⅱ （ゴジュラス ガナー |
| ゴジュラスMK-Ⅱ 限定型 | 3個 | ゴジュラス・ジ・オーガ | |
| 捕獲用ゴジュラス | 4個 | ゴジュラス （ノーマル機） | |
| ウルトラザウルス (強化セット1) | 1個 | ➔ | ウルトラザウルスLB |
| ウルトラザウルス (強化セット3) | 0個 | グレートザウルス | |
| シールドライガーMK-Ⅱ | 3個 | ➔ | シールドライガーDCS |
| サラマンダー (強化セット1) | 3個 | マーキュリー （サラマンダー ボンヴァーン） | |
| マッドサンダー | 4個 | マッドサンダー ( ※最大3機まで ) | |
| PSゾイド1 | パーツ | PSゾイド2 | |
| マーダ | 4個 | ➔ | マーダ（ミサイル） |
| マーダ TYPE2 | 4個 | マーダ（電磁砲） | |
| 捕獲用イグアン | 4個 | イグアン （ノーマル機） | |
| サーベルタイガー | 1個 | ➔ | セイバータイガー |
| サーベルタイガー (強化セット1) | 0個 | セイバータイガーBL | |
| サーベルタイガー (強化セット2) | 1個 | セイバータイガーMK-Ⅱ | |
| サーベルタイガー (強化セット3) | 1個 | セイバータイガーSS | |
| レッドホーン (強化セット1) | 2個 | ➔ | レッドホーンBL |
| レッドホーン (強化セット2) | 0個 | レッドホーンMK-Ⅱ | |
| レッドホーン (強化セット3) | 2個 | レッドホーンSS | |
| ※ アイアンコングMK-Ⅱ 量産型 | 2個 | ➔ | アイアンコングMK-Ⅱ |
| アイアンコングMK-Ⅱ 限定型 | 1個 | アイアンコングPK | |
| 捕獲用アイアンコング | 4個 | アイアンコング （ノーマル機） | |
| ディメトロドン (強化セット1) | 4個 | ➔ | ディメトロドンMK-Ⅱ |
| デスザウラー (強化セット4) | 0個 | デスザウラーMK-Ⅱ | |
