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前作と違い、今作は強化・改造した機体を含む全てのゾイドに4種類までのパーツを装備させることができる。各種パーツは作戦中に財宝やクリア報酬として入手することが出来るほか、装備パーツに関してはキャンプコマンドの[補給物資]で購入や、敵機の残骸から回収できることもある。
改造パーツだけは使い捨てなのでよく考えてから使うように。

固定パーツ

各ゾイドに固定されているパーツ。取り外すことは出来ない。ほとんどが武装用のものだが、特定のゾイド固有の特殊なパーツや装備パーツと互換性のあるものもある。

装備パーツ

センサー系

パーツ名 価格 機能
MAD磁気探知機 800G 自機の周囲3ヘクスにある埋もれた財宝を発見する。
爆発物探知センサー 800G 自機の周囲3ヘクスにある地雷(機雷)を発見する。
発見した地雷は飛行ゾイド以外であれば回収可能。
前作と異なり、移動の際の通り道に発見済みの地雷が存在した場合でも通過可能。
3D電子式レーダー 800G 自機の周囲2ヘクス内に隠れている隠蔽・ステルスゾイドを発見する。
(GPS複合センサーと同時装備可。効果は重複せず高い数値に上書きされる)
GPS複合センサー - 自機の周囲3ヘクス内に隠れている隠蔽・ステルスゾイドを発見する。
(GPS複合センサーと同時装備可。効果は重複せず高い数値に上書きされる)
妨害電波発信機 - 敵機のレーダーに探知されても自機のステルス・隠蔽状態が持続し、発見されない。

能力補助系

パーツ名 価格 機能
サーチライト 500G 射撃武器の命中率+10%
(他の命中補助パーツと同時装備可。効果は重複せず高い数値に上書きされる?)
レーザー照準器 3,500G 射撃武器の命中率+20%
(他の命中補助パーツと同時装備可。効果は重複せず高い数値に上書きされる?)
シェルアーマー 800G HPの最大値+25% (他の装甲補助パーツと同時装備可。効果も重複される。)
デルタフレーム 1,500G HPの最大値+50% (他の装甲補助パーツと同時装備可。効果も重複される。)
ハイブリッドアーマー 4,000G HPの最大値+75% (他の装甲補助パーツと同時装備可。効果も重複される。)
ブースターパック - 移動力+1 (他の移動力補助パーツと同時装備可。効果も重複される。)
高機動スラスター - 移動力+2 (他の移動力補助パーツと同時装備可。効果も重複される。)
ウイングブースター - 山と水及び空以外の地形適性を1ランク上げる。(飛行ゾイドには効果なし。)
クライムエンジン - 水と空以外の地形適性を1ランク上げる。(飛行ゾイドには効果なし。)
サブマリンユニット - 水中を移動できるようになる。
スモークディスチャージャー 2000G 範囲攻撃により自機の周囲1ヘクスに状態変化「暗闇」を与える。
エネルギータンク - ENの最大値+50%


エネルギーシールド系

パーツ名 価格 機能
レイズリフレクター - 光線属性の射撃攻撃を反射する。
反射した時点で命中判定が行われるので、反射した攻撃が当たらない場合もある。
(光線の反射時のみEP100消費。回避時は消費しない。)
ビームリフレクター - ビーム属性の射撃攻撃を反射する。
反射した時点で命中判定が行われるので、反射した攻撃が当たらない場合もある。
(ビームの反射時のみEP100消費。回避時は消費しない。)
レイズドレイン - 光線属性の射撃攻撃を吸収し、ダメージの数値分だけHPを回復する。
回復量が自機の最大HPを超えることはない。
回避時はEP消費なしで回復できる。
(光線の吸収時のみEP50消費。回避時は消費しない。)
ビームドレイン - ビーム属性の射撃攻撃を吸収し、ダメージの数値分だけHPを回復する。
回復量が自機の最大HPを超えることはない。
回避時はEP消費なしで回復できる。
(ビームの吸収時のみEP50消費。回避時は消費しない。)
レイズシールド - 光線によるダメージが50%減少する。。
(光線の反射時EP10消費。回避時は消費しない。)
ビームシールド - ビームによるダメージが50%減少する。
(ビームの反射時EP10消費。回避時は消費しない。)

冷凍砲

パーツ 威力 命中 クリティカル率 速度 適性 弾数 タイプ 射程 種別
冷凍砲 400 80% 10% 50 地―― 2 1-3 冷凍
状態異常「凍結」を与えることができる唯一の武器。財宝としてのみ入手可能で敵機は使用してこない。
前作では敵を一方的にハメ殺しもできたことからお世話になった人も多いはず。
しかし、冷凍砲の弾数が減り、効果時間も短くなっていることもあって、パーツ欄を1個圧迫してまで使う必要性はあるかは疑問な所であり、前作ほど活躍できないと思われる。


改造パーツ

使用すると改造前には戻せなくなり、なおかつ使用した改造パーツは消失する。
機体ごとの改造先一覧はこちら(共和国帝国)参照

オーガノイドシステム

主な入手ステージ
改造前 改造後
シールドライガー  →  ブレードライガー
ゴジュラスmk2  →  ゴジュラス・ジ・オーガ

キャノリーセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
コマンドウルフ  →  コマンドウルフAT
モルガ  →  モルガ自走砲タイプ
レドラー  →  レドラーキャノン

コマンダーセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
ガイサック  →  ガイサック カスタム
ゴドス  →  ゴドス重装甲タイプ
シールドライガーDCS  →  シールドライガーDCS-J
セイバータイガー  →  セイバータイガーSS
レッドホーン  →  レッドホーンBG
ジェノザウラー  →  ジェノザウラーRS

バイルバンカーセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
ゴドス重装甲タイプ  →  ゴドスPB
イグアン  →  イグアンPB

バスターキャノンセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
ゴジュラス  →  ゴジュラスmk2
ゴルドス  →  ゴルドスキャノン
サラマンダー  →  マーキュリー
ディバイソン  →  ディバイソンキャノン
ウルトラザウルス  →  ウルトラザウルスLB

ビームキャノンセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
カノントータス  →  カノントータス ヘビーガン
シールドライガー  →  シールドライガーDCS
ウルトラザウルスLB  →  グレートザウルス

ビームランチャーセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
セイバータイガー  →  セイバータイガーBL
レッドホーン  →  レッドホーンBL
ディメトロドン  →  ディメトロドンmk2

ブースターセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
ブレードライガー  →  ブレードライガーABS
セイバータイガー  →  グレートセイバー
レッドホーン  →  レッドホーンSS
アイアンコング  →  アイアンコングmk2

ミサイルセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
プテラス  →  プテラス アタッカー
セイバータイガー  →  セイバータイガーmk2
レッドホーンBL  →  レッドホーンmk2

リミテッドセット

主な入手ステージ
改造前 改造後
マンモスキャノン  →  マンモスmk2
ゴルドスキャノン  →  シャイアン
レッドホーンBG  →  ダークホーン
アイアンコングmk2  →  アイアンコングPK
ジェノザウラー  →  ジェノブレイカー
デスザウラー  →  デスザウラーmk2

ローリングチャージャー

主な入手ステージ
改造前 改造後
プロトタイプマッドサンダー  →  マッドサンダー

捕獲ユニット

主な入手ステージ
改造前 改造後
ゴドス  →  捕獲用ゴドス
イグアン  →  捕獲用イグアン



換装パーツ

グレネードユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
グランチュラ  →  グランチュラ(グレネード)

電磁砲ユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
マーダ(ミサイル)  →  マーダ(電磁砲)

イエーガーユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
ライガーゼロ  →  ライガーゼロ・イエーガー

シュナイダーユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
ライガーゼロ  →  ライガーゼロ・シュナイダー

パンツァーユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
ライガーゼロ  →  ライガーゼロ・パンツァー

イクスユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
ライガーゼロ  →  ライガーゼロ・イクス

シュトゥルムユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
バーサークフューラー  →  シュトゥルムフューラー

スナイパーユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
ケーニッヒウルフ  →  ケーニッヒウルフ スナイパー(未作成)

ヘビーウェポンユニット

主な入手ステージ
換装前 換装後
トリニティライガー  →  トリニティライガー重武装型
ジェノハイドラ  →  ジェノハイドラ重武装型